+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8tyl | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structural and biochemical rationale for Beta variant protein booster vaccine broad cross-neutralization of SARS-CoV-2 | ||||||
要素 | Spike glycoprotein | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / Spike / trimer / surface | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.85 Å | ||||||
データ登録者 | Bruch, E.M. / Rak, A. | ||||||
資金援助 | 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2024 タイトル: Structural and biochemical rationale for Beta variant protein booster vaccine broad cross-neutralization of SARS-CoV-2. 著者: Eduardo M Bruch / Shaolong Zhu / Lisa Szymkowicz / Taylor Blake / Tara Kiss / D Andrew James / Alexey Rak / Kartik Narayan / Matthew T Balmer / Roman M Chicz / 要旨: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), responsible for the COVID-19 pandemic, uses a surface expressed trimeric spike glycoprotein for cell entry. This trimer is the primary ...Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), responsible for the COVID-19 pandemic, uses a surface expressed trimeric spike glycoprotein for cell entry. This trimer is the primary target for neutralizing antibodies making it a key candidate for vaccine development. During the global pandemic circulating variants of concern (VOC) caused several waves of infection, severe disease, and death. The reduced efficacy of the ancestral trimer-based vaccines against emerging VOC led to the need for booster vaccines. Here we present a detailed characterization of the Sanofi Beta trimer, utilizing cryo-EM for structural elucidation. We investigate the conformational dynamics and stabilizing features using orthogonal SPR, SEC, nanoDSF, and HDX-MS techniques to better understand how this antigen elicits superior broad neutralizing antibodies as a variant booster vaccine. This structural analysis confirms the Beta trimer preference for canonical quaternary structure with two RBD in the up position and the reversible equilibrium between the canonical spike and open trimer conformations. Moreover, this report provides a better understanding of structural differences between spike antigens contributing to differential vaccine efficacy. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8tyl.cif.gz | 501.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8tyl.ent.gz | 385.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8tyl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8tyl_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8tyl_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8tyl_validation.xml.gz | 78.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8tyl_validation.cif.gz | 118.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ty/8tyl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ty/8tyl | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 41725MC 8tyoC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 137840.781 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 遺伝子: S, 2 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P0DTC2 #2: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: ancestral SARS-CoV-2 Spike trimer antigen / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
分子量 | 値: 0.41183064 MDa |
由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: unidentified baculovirus (ウイルス) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: TFS GLACIOS |
---|---|
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / C2レンズ絞り径: 50 µm |
撮影 | 電子線照射量: 62 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
3次元再構成 | 解像度: 2.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 349329 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 77.36 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|