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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ttw | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of BG505 SOSIP.664 HIV-1 Env trimer in complex with temsavir, 8ANC195, and 10-1074 | |||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/INHIBITOR/IMMUNE SYSTEM / BG505 SOSIP / 8ANC195 / 10-1074 / BMS-626529 / temsavir / VIRAL PROTEIN-INHIBITOR-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.96 Å | |||||||||
データ登録者 | Tolbert, W.D. / Pozharski, E. / Pazgier, M. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structure-function analyses reveal key molecular determinants of HIV-1 CRF01_AE resistance to the entry inhibitor temsavir. 著者: Jérémie Prévost / Yaozong Chen / Fei Zhou / William D Tolbert / Romain Gasser / Halima Medjahed / Manon Nayrac / Dung N Nguyen / Suneetha Gottumukkala / Ann J Hessell / Venigalla B Rao / ...著者: Jérémie Prévost / Yaozong Chen / Fei Zhou / William D Tolbert / Romain Gasser / Halima Medjahed / Manon Nayrac / Dung N Nguyen / Suneetha Gottumukkala / Ann J Hessell / Venigalla B Rao / Edwin Pozharski / Rick K Huang / Doreen Matthies / Andrés Finzi / Marzena Pazgier / 要旨: The HIV-1 entry inhibitor temsavir prevents the viral receptor CD4 (cluster of differentiation 4) from interacting with the envelope glycoprotein (Env) and blocks its conformational changes. To do ...The HIV-1 entry inhibitor temsavir prevents the viral receptor CD4 (cluster of differentiation 4) from interacting with the envelope glycoprotein (Env) and blocks its conformational changes. To do this, temsavir relies on the presence of a residue with small side chain at position 375 in Env and is unable to neutralize viral strains like CRF01_AE carrying His375. Here we investigate the mechanism of temsavir resistance and show that residue 375 is not the sole determinant of resistance. At least six additional residues within the gp120 inner domain layers, including five distant from the drug-binding pocket, contribute to resistance. A detailed structure-function analysis using engineered viruses and soluble trimer variants reveals that the molecular basis of resistance is mediated by crosstalk between His375 and the inner domain layers. Furthermore, our data confirm that temsavir can adjust its binding mode to accommodate changes in Env conformation, a property that likely contributes to its broad antiviral activity. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ttw.cif.gz | 784.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ttw.ent.gz | 645 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ttw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ttw_validation.pdf.gz | 3.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8ttw_full_validation.pdf.gz | 3.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8ttw_validation.xml.gz | 112.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ttw_validation.cif.gz | 169.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/8ttw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/8ttw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 6分子 AEIBFJ
#1: タンパク質 | 分子量: 54064.277 Da / 分子数: 3 / 変異: A501C T332N E509R K510R A512R V513R / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: env / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 GnT1- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q2N0S6 #2: タンパク質 | 分子量: 17146.482 Da / 分子数: 3 / 変異: I559P T605C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: env / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 GNT1- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q2N0S5 |
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-抗体 , 4種, 12分子 CGKDHLMOQNPR
#3: 抗体 | 分子量: 25324.402 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #4: 抗体 | 分子量: 23460.047 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #5: 抗体 | 分子量: 25661.688 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #6: 抗体 | 分子量: 23180.760 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-糖 , 5種, 63分子
#7: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #8: 多糖 | #9: 多糖 | #10: 多糖 | #11: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-非ポリマー , 1種, 3分子
#12: 化合物 |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Complex of BG505 SOSIP.664 with temsavir and the antibody Fabs of 8anc195 and 10-1074 タイプ: COMPLEX 詳細: Fab fragments were generated by papain digest of their respective IgGs. Entity ID: #1-#6 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.2 |
試料 | 濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: TFS GLACIOS |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2700 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 2.5 sec. / 電子線照射量: 43.8 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 319575 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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