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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8tth | ||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | NorA single mutant - D307N at pH 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / D307N NorA / efflux pump / MRSA / TRANSPORT PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.54 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Li, J.P. / Li, Y. / Koide, A. / Kuang, H.H. / Torres, V.J. / Koide, S. / Wang, D.N. / Traaseth, N.J. | ||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 9件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Proton-coupled transport mechanism of the efflux pump NorA. 著者: Jianping Li / Yan Li / Akiko Koide / Huihui Kuang / Victor J Torres / Shohei Koide / Da-Neng Wang / Nathaniel J Traaseth / 要旨: Efflux pump antiporters confer drug resistance to bacteria by coupling proton import with the expulsion of antibiotics from the cytoplasm. Despite efforts there remains a lack of understanding as to ...Efflux pump antiporters confer drug resistance to bacteria by coupling proton import with the expulsion of antibiotics from the cytoplasm. Despite efforts there remains a lack of understanding as to how acid/base chemistry drives drug efflux. Here, we uncover the proton-coupling mechanism of the Staphylococcus aureus efflux pump NorA by elucidating structures in various protonation states of two essential acidic residues using cryo-EM. Protonation of Glu222 and Asp307 within the C-terminal domain stabilized the inward-occluded conformation by forming hydrogen bonds between the acidic residues and a single helix within the N-terminal domain responsible for occluding the substrate binding pocket. Remarkably, deprotonation of both Glu222 and Asp307 is needed to release interdomain tethering interactions, leading to opening of the pocket for antibiotic entry. Hence, the two acidic residues serve as a "belt and suspenders" protection mechanism to prevent simultaneous binding of protons and drug that enforce NorA coupling stoichiometry and confer antibiotic resistance. | ||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8tth.cif.gz | 116.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8tth.ent.gz | 86.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8tth.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8tth_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8tth_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8tth_validation.xml.gz | 33 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8tth_validation.cif.gz | 47.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/8tth ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/8tth | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46654.863 Da / 分子数: 1 / 変異: D307N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: norA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q53459 |
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#2: 抗体 | 分子量: 14070.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
#3: 抗体 | 分子量: 11209.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: D307N-NorA:FabDA1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES | |||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.100656 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | |||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 77 K / 最低温度: 77 K |
撮影 | 平均露光時間: 1.2 sec. / 電子線照射量: 52.96 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm / 横: 5760 / 縦: 4092 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.54 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 136284 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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