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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8trn | |||||||||
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タイトル | Actin 1 from T. gondii in filaments bound to MgADP and jasplakinolide | |||||||||
![]() | Actin | |||||||||
![]() | STRUCTURAL PROTEIN / Actin / cytoskeleton / toxoplasmosis | |||||||||
機能・相同性 | ![]() 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cytoskeleton / hydrolase activity / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | |||||||||
![]() | Hvorecny, K.L. / Sladewski, T.E. / Heaslip, A.T. / Kollman, J.M. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Toxoplasma gondii actin filaments are tuned for rapid disassembly and turnover. 著者: Kelli L Hvorecny / Thomas E Sladewski / Enrique M De La Cruz / Justin M Kollman / Aoife T Heaslip / ![]() 要旨: The cytoskeletal protein actin plays a critical role in the pathogenicity of the intracellular parasite, Toxoplasma gondii, mediating invasion and egress, cargo transport, and organelle inheritance. ...The cytoskeletal protein actin plays a critical role in the pathogenicity of the intracellular parasite, Toxoplasma gondii, mediating invasion and egress, cargo transport, and organelle inheritance. Advances in live cell imaging have revealed extensive filamentous actin networks in the Apicomplexan parasite, but there are conflicting data regarding the biochemical and biophysical properties of Toxoplasma actin. Here, we imaged the in vitro assembly of individual Toxoplasma actin filaments in real time, showing that native, unstabilized filaments grow tens of microns in length. Unlike skeletal muscle actin, Toxoplasma filaments intrinsically undergo rapid treadmilling due to a high critical concentration, fast monomer dissociation, and rapid nucleotide exchange. Cryo-EM structures of jasplakinolide-stabilized and native (i.e. unstabilized) filaments show an architecture like skeletal actin, with differences in assembly contacts in the D-loop that explain the dynamic nature of the filament, likely a conserved feature of Apicomplexan actin. This work demonstrates that evolutionary changes at assembly interfaces can tune the dynamic properties of actin filaments without disrupting their conserved structure. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 221.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 178.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 45 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 58.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 41584MC ![]() 8trmC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41956.711 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ACT1 / プラスミド: pFastBac / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P53476, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Filament of Actin 1 from T. gondii with MgADP and jasplakinolide タイプ: COMPLEX 詳細: Actin protomers from T. gondii assemble into a two-start helix, stabilized by jasplakinolide Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() 株: Sf9 / プラスミド: pFastBac |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: TFS GLACIOS |
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電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 45000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 750 nm |
撮影 | 平均露光時間: 5 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: -167 ° / 軸方向距離/サブユニット: 28.1 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 2682453 / 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |