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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8to8 | ||||||
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タイトル | Escherichia coli RNA polymerase unwinding intermediate (I1b) at the lambda PR promoter | ||||||
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![]() | transcription/DNA / DNA-dependent RNA polymerase / transcription / intermediate / DNA promoter / DNA unwinding / transcription-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() sigma factor antagonist complex / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation ...sigma factor antagonist complex / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / cell motility / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
![]() | Darst, S.A. / Saecker, R.M. / Mueller, A.U. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Early intermediates in bacterial RNA polymerase promoter melting visualized by time-resolved cryo-electron microscopy. 著者: Ruth M Saecker / Andreas U Mueller / Brandon Malone / James Chen / William C Budell / Venkata P Dandey / Kashyap Maruthi / Joshua H Mendez / Nina Molina / Edward T Eng / Laura Y Yen / Clinton ...著者: Ruth M Saecker / Andreas U Mueller / Brandon Malone / James Chen / William C Budell / Venkata P Dandey / Kashyap Maruthi / Joshua H Mendez / Nina Molina / Edward T Eng / Laura Y Yen / Clinton S Potter / Bridget Carragher / Seth A Darst / ![]() 要旨: During formation of the transcription-competent open complex (RPo) by bacterial RNA polymerases (RNAPs), transient intermediates pile up before overcoming a rate-limiting step. Structural ...During formation of the transcription-competent open complex (RPo) by bacterial RNA polymerases (RNAPs), transient intermediates pile up before overcoming a rate-limiting step. Structural descriptions of these interconversions in real time are unavailable. To address this gap, here we use time-resolved cryogenic electron microscopy (cryo-EM) to capture four intermediates populated 120 ms or 500 ms after mixing Escherichia coli σ-RNAP and the λP promoter. Cryo-EM snapshots revealed that the upstream edge of the transcription bubble unpairs rapidly, followed by stepwise insertion of two conserved nontemplate strand (nt-strand) bases into RNAP pockets. As the nt-strand 'read-out' extends, the RNAP clamp closes, expelling an inhibitory σ domain from the active-site cleft. The template strand is fully unpaired by 120 ms but remains dynamic, indicating that yet unknown conformational changes complete RPo formation in subsequent steps. Given that these events likely describe DNA opening at many bacterial promoters, this study provides insights into how DNA sequence regulates steps of RPo formation. #1: ![]() タイトル: Early intermediates in bacterial RNA polymerase promoter melting visualized by time-resolved cryo-electron microscopy 著者: Darst, S.A. / Saecker, R.M. / Mueller, A.U. / Malone, B. / Chen, J. / Budell, W.C. / Dandey, V.P. / Maruthi, K. / Mendez, J.H. / Molina, N. / Eng, E.T. / Yen, L.Y. / Potter, C.S. / Carragher, B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 798 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 627.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 105 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 161 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 41439MC ![]() 8to1C ![]() 8to6C ![]() 8toeC ![]() 8tomC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 6分子 GHMIJK
#1: タンパク質 | 分子量: 36558.680 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpoA, pez, phs, sez, b3295, JW3257 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P0A7Z4, DNA-directed RNA polymerase #2: タンパク質 | | 分子量: 150820.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpoB, groN, nitB, rif, ron, stl, stv, tabD, b3987, JW3950 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P0A8V2, DNA-directed RNA polymerase #3: タンパク質 | | 分子量: 155366.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpoC, tabB, b3988, JW3951 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P0A8T7, DNA-directed RNA polymerase #4: タンパク質 | | 分子量: 10249.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpoZ, b3649, JW3624 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P0A800, DNA-directed RNA polymerase |
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-タンパク質 , 1種, 1分子 L
#5: タンパク質 | 分子量: 70352.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P00579 |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 OP
#6: DNA鎖 | 分子量: 32600.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
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#7: DNA鎖 | 分子量: 32183.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
-非ポリマー , 3種, 7分子 ![](data/chem/img/4QM.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
#8: 化合物 | ChemComp-4QM / ( #9: 化合物 | ChemComp-MG / | #10: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Escherichia coli RNA polymerase unwinding intermediate (I1b) at the lambda PR promoter タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#7 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: tip 1: 26 or 30 micromolar Es70 RNAP tip 2: 52 or 60 micromolar LPR DNA | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: SPOTITON / 凍結剤: ETHANE / 凍結前の試料温度: 296 K 詳細: CHAPSO was added (from 80 mM stock) to 8 mM final in each sample just prior to spray mixing. |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS / 詳細: Please see publication for details. |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) 詳細: Cryo-EM map from images from multiple data collections, please see publication. |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 153655 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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