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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8tlq | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the Rev1-Polzeta-DNA-dCTP complex | ||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA repair / DNA replication / translesion DNA synthesis / DNA polymerase / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() delta DNA polymerase complex / DNA amplification / deoxycytidyl transferase activity / zeta DNA polymerase complex / RNA-templated DNA biosynthetic process / DNA replication, removal of RNA primer / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Termination of translesion DNA synthesis ...delta DNA polymerase complex / DNA amplification / deoxycytidyl transferase activity / zeta DNA polymerase complex / RNA-templated DNA biosynthetic process / DNA replication, removal of RNA primer / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Termination of translesion DNA synthesis / lagging strand elongation / double-strand break repair via break-induced replication / DNA metabolic process / DNA strand elongation involved in DNA replication / error-free translesion synthesis / leading strand elongation / error-prone translesion synthesis / replication fork / nucleotide-excision repair / double-strand break repair via homologous recombination / base-excision repair / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / chromatin / mitochondrion / DNA binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() DNA molecule (その他) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.53 Å | ||||||
![]() | Malik, R. / Aggarwal, A.K. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of the Rev1-Polζ holocomplex reveals the mechanism of their cooperativity in translesion DNA synthesis. 著者: Radhika Malik / Robert E Johnson / Iban Ubarretxena-Belandia / Louise Prakash / Satya Prakash / Aneel K Aggarwal / ![]() ![]() 要旨: Rev1-Polζ-dependent translesion synthesis (TLS) of DNA is crucial for maintaining genome integrity. To elucidate the mechanism by which the two polymerases cooperate in TLS, we determined the ...Rev1-Polζ-dependent translesion synthesis (TLS) of DNA is crucial for maintaining genome integrity. To elucidate the mechanism by which the two polymerases cooperate in TLS, we determined the cryogenic electron microscopic structure of the Saccharomyces cerevisiae Rev1-Polζ holocomplex in the act of DNA synthesis (3.53 Å). We discovered that a composite N-helix-BRCT module in Rev1 is the keystone of Rev1-Polζ cooperativity, interacting directly with the DNA template-primer and with the Rev3 catalytic subunit of Polζ. The module is positioned akin to the polymerase-associated domain in Y-family TLS polymerases and is set ideally to interact with PCNA. We delineate the full extent of interactions that the carboxy-terminal domain of Rev1 makes with Polζ and identify potential new druggable sites to suppress chemoresistance from first-line chemotherapeutics. Collectively, our results provide fundamental new insights into the mechanism of cooperativity between Rev1 and Polζ in TLS. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 491.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 360.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 41371MC ![]() 8tltC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-DNA polymerase zeta ... , 2種, 3分子 ADE
#1: タンパク質 | 分子量: 177068.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: REV3, PSO1, YPL167C, P2535 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 28791.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: REV7, YIL139C / 発現宿主: ![]() ![]() |
-DNA polymerase delta ... , 2種, 2分子 FG
#3: タンパク質 | 分子量: 55987.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: PACBIOSEQ_LOCUS3277, PACBIOSEQ_LOCUS3308 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#4: タンパク質 | 分子量: 40377.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: POL32, YJR043C, J1626 / 発現宿主: ![]() ![]() |
-タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 3分子 BPT
#5: タンパク質 | 分子量: 112384.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: REV1, YOR346W, O6339 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P12689, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの |
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#6: DNA鎖 | 分子量: 9248.954 Da / 分子数: 2 Fragment: 5'-D(P*CP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*AP*C)-3' modeled 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA molecule (その他) |
-非ポリマー , 4種, 46分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/DCP.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/DCP.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#7: 化合物 | ChemComp-CA / |
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#8: 化合物 | ChemComp-DCP / |
#9: 化合物 | ChemComp-SF4 / |
#10: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: DNA complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 53.19 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.53 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 153551 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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