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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8tjv | ||||||
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タイトル | Tetrahymena Ribozyme scaffolded Fluoride riboswitch | ||||||
要素 | RNA (417-MER) | ||||||
キーワード | RNA / Ribozyme / xrRNA / Scaffold | ||||||
機能・相同性 | FLUORIDE ION / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermotoga petrophila (バクテリア) Tetrahymena (真核生物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.99 Å | ||||||
データ登録者 | Langeberg, C.J. / Kieft, J.S. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023 タイトル: A generalizable scaffold-based approach for structure determination of RNAs by cryo-EM. 著者: Conner J Langeberg / Jeffrey S Kieft / 要旨: Single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) can reveal the structures of large and often dynamic molecules, but smaller biomolecules (≤50 kDa) remain challenging targets due to their ...Single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) can reveal the structures of large and often dynamic molecules, but smaller biomolecules (≤50 kDa) remain challenging targets due to their intrinsic low signal to noise ratio. Methods to help resolve small proteins have been applied but development of similar approaches to aid in structural determination of small, structured RNA elements have lagged. Here, we present a scaffold-based approach that we used to recover maps of sub-25 kDa RNA domains to 4.5-5.0 Å. While lacking the detail of true high-resolution maps, these maps are suitable for model building and preliminary structure determination. We demonstrate this method helped faithfully recover the structure of several RNA elements of known structure, and that it promises to be generalized to other RNAs without disturbing their native fold. This approach may streamline the sample preparation process and reduce the optimization required for data collection. This first-generation scaffold approach provides a robust system to aid in RNA structure determination by cryo-EM and lays the groundwork for further scaffold optimization to achieve higher resolution. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8tjv.cif.gz | 213 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8tjv.ent.gz | 158.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8tjv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8tjv_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8tjv_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8tjv_validation.xml.gz | 36 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8tjv_validation.cif.gz | 51.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tj/8tjv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tj/8tjv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 134830.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermotoga petrophila (バクテリア), (組換発現) Tetrahymena (真核生物) 発現宿主: in vitro transcription vector pT7-Fluc(deltai) (その他) | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-F / | #4: 化合物 | ChemComp-K / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Tetrahymena Ribozyme scaffolded Fluoride riboswitch / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||
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由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: in vitro transcription vector pT7-Fluc(deltai) (その他) | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 50 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 | |||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 2.99 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 238627 / 対称性のタイプ: POINT |