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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8thx | ||||||
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タイトル | Yeast actin A167E mutant wt-like | ||||||
要素 | Actin | ||||||
キーワード | CYTOSOLIC PROTEIN / actin filaments / cytoskeleton / cations / stiffness | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellular bud neck contractile ring / fungal biofilm matrix / ascospore wall assembly / mitotic actomyosin contractile ring contraction / vacuole inheritance / actin cortical patch / Swr1 complex / Ino80 complex / establishment of cell polarity / NuA4 histone acetyltransferase complex ...cellular bud neck contractile ring / fungal biofilm matrix / ascospore wall assembly / mitotic actomyosin contractile ring contraction / vacuole inheritance / actin cortical patch / Swr1 complex / Ino80 complex / establishment of cell polarity / NuA4 histone acetyltransferase complex / actin filament bundle / protein secretion / actin filament / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / endocytosis / chromatin remodeling / hydrolase activity / DNA repair / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces (菌類) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.98 Å | ||||||
データ登録者 | Volkmann, N. / Hanein, D. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: yeast actin A167E mutant wt-like 著者: Volkmann, N. / Hanein, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8thx.cif.gz | 319 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8thx.ent.gz | 263.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8thx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/8thx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/8thx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41231.973 Da / 分子数: 5 / 変異: A167E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Saccharomyces (菌類) / 遺伝子: ACT1, CAGL0K12694g / 発現宿主: Saccharomyces (菌類) 参照: UniProt: P60009, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 #2: 化合物 | ChemComp-ADP / #3: 化合物 | ChemComp-MG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: HELICAL ARRAY / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: yeast actin A167E mutant filament / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces (菌類) |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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らせん対称 | 回転角度/サブユニット: -167.22 ° / 軸方向距離/サブユニット: 27.48 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 170753 / 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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