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- PDB-8thj: Cryo-EM structure of the Tripartite ATP-independent Periplasmic (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8thj
タイトルCryo-EM structure of the Tripartite ATP-independent Periplasmic (TRAP) transporter SiaQM from Haemophilus influenzae (antiparallel dimer)
要素Sialic acid TRAP transporter permease protein SiaT
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Sugar transport / sialic acid (シアル酸) / TRAP transporter / secondary active transport (能動輸送) / ion transporter superfamily
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate transport / transmembrane transporter activity / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
TRAP transporter large membrane protein DctM / TRAP transporter, small membrane protein DctQ / TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit / Tripartite ATP-independent periplasmic transporters, DctQ component / Tripartite ATP-independent periplasmic transporter, DctM component
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PGT / ホスファチジルエタノールアミン / Sialic acid TRAP transporter permease protein SiaT
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae Rd KW20 (インフルエンザ菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Davies, J.S. / Currie, M.C. / Dobson, R.C.J. / North, R.A.
資金援助 ニュージーランド, 2件
組織認可番号国
Marsden FundUOC1506 ニュージーランド
Ministry of Business, Innovation and Employment (New Zealand)UOCX1706 ニュージーランド
引用
ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: Structural and biophysical analysis of a tripartite ATP-independent periplasmic (TRAP) transporter.
著者: Michael J Currie / James S Davies / Mariafrancesca Scalise / Ashutosh Gulati / Joshua D Wright / Michael C Newton-Vesty / Gayan S Abeysekera / Ramaswamy Subramanian / Weixiao Y Wahlgren / ...著者: Michael J Currie / James S Davies / Mariafrancesca Scalise / Ashutosh Gulati / Joshua D Wright / Michael C Newton-Vesty / Gayan S Abeysekera / Ramaswamy Subramanian / Weixiao Y Wahlgren / Rosmarie Friemann / Jane R Allison / Peter D Mace / Michael D W Griffin / Borries Demeler / Soichi Wakatsuki / David Drew / Cesare Indiveri / Renwick C J Dobson / Rachel A North /
要旨: Tripartite ATP-independent periplasmic (TRAP) transporters are secondary-active transporters that receive their substrates via a soluble-binding protein to move bioorganic acids across bacterial or ...Tripartite ATP-independent periplasmic (TRAP) transporters are secondary-active transporters that receive their substrates via a soluble-binding protein to move bioorganic acids across bacterial or archaeal cell membranes. Recent cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of TRAP transporters provide a broad framework to understand how they work, but the mechanistic details of transport are not yet defined. Here we report the cryo-EM structure of the -acetylneuraminate TRAP transporter (SiaQM) at 2.99 Å resolution (extending to 2.2 Å at the core), revealing new features. The improved resolution (the previous SiaQM structure is 4.7 Å resolution) permits accurate assignment of two Na sites and the architecture of the substrate-binding site, consistent with mutagenic and functional data. Moreover, rather than a monomer, the SiaQM structure is a homodimer. We observe lipids at the dimer interface, as well as a lipid trapped within the fusion that links the SiaQ and SiaM subunits. We show that the affinity () for the complex between the soluble SiaP protein and SiaQM is in the micromolar range and that a related SiaP can bind SiaQM. This work provides key data that enhances our understanding of the 'elevator-with-an-operator' mechanism of TRAP transporters.
#1: ジャーナル: Elife / 年: 2023
タイトル: Structural and biophysical analysis of a Haemophilus influenzae tripartite ATP-independent periplasmic (TRAP) transporter
著者: Currie, M.J. / Davies, J.S. / Scalise, M. / Gulati, A. / Wright, J.D. / Newton-Vesty, M.C. / Abeysekera, G.S. / Subramanian, R. / Wahlgren, W.Y. / Friemann, R. / Allison, J.R. / Mace, P.D. / ...著者: Currie, M.J. / Davies, J.S. / Scalise, M. / Gulati, A. / Wright, J.D. / Newton-Vesty, M.C. / Abeysekera, G.S. / Subramanian, R. / Wahlgren, W.Y. / Friemann, R. / Allison, J.R. / Mace, P.D. / Griffin, M.D.W. / Demeler, B. / Wakatsuki, S. / Drew, D. / Indiveri, C. / Dobson, R.C.J. / North, R.A.
履歴
登録2023年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sialic acid TRAP transporter permease protein SiaT
B: Sialic acid TRAP transporter permease protein SiaT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,15610
ポリマ－144,0942
非ポリマー3,0628
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable, equilibrium centrifugation, Sedimentation velocity analytical ultracentrifugation supports a dimeric state in solution
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Sialic acid TRAP transporter permease protein SiaT / N-acetylneuraminic acid permease / N-acetylneuraminic acid transporter / Neu5Ac permease


分子量: 72046.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae Rd KW20 (インフルエンザ菌)
遺伝子: siaT, siaQM, HI_0147 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: P44543
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PTY / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / ホスファチジルエタノールアミン


分子量: 734.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H80NO8P / コメント: リン脂質*YM
#4: 化合物 ChemComp-PGT / (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / 1-PALMITOYL-2-OLEOYL-SN-GLYCERO-3-[PHOSPHO-RAC-(1-GLYCEROL)](SODIUM SALT) / Phosphatidylglycerol


分子量: 751.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H79O10P / コメント: リン脂質*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: HiSiaQM transporter protein solubilised in amphipol A8-35
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Haemophilus influenzae Rd KW20 (インフルエンザ菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: TOP10
緩衝液pH: 8
試料濃度: 4.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 400 nm
撮影電子線照射量: 73.1 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.99 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 225044 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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