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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8taf | ||||||||||||
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タイトル | Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus VP39 | ||||||||||||
要素 | Major viral capsid protein | ||||||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / nucleocapsid protein VP39 | ||||||||||||
機能・相同性 | Baculovirus major capsid protein VP39 / Baculovirus major capsid protein VP39 / viral capsid / structural molecule activity / Major viral capsid protein 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Benning, F.M.C. / Chao, L.H. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, スイス, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Helical reconstruction of VP39 reveals principles for baculovirus nucleocapsid assembly. 著者: Friederike M C Benning / Simon Jenni / Coby Y Garcia / Tran H Nguyen / Xuewu Zhang / Luke H Chao / 要旨: Baculoviruses are insect-infecting pathogens with wide applications as biological pesticides, in vitro protein production vehicles and gene therapy tools. Its cylindrical nucleocapsid, which ...Baculoviruses are insect-infecting pathogens with wide applications as biological pesticides, in vitro protein production vehicles and gene therapy tools. Its cylindrical nucleocapsid, which encapsulates and protects the circular double-stranded viral DNA encoding proteins for viral replication and entry, is formed by the highly conserved major capsid protein VP39. The mechanism for VP39 assembly remains unknown. We use electron cryomicroscopy to determine a 3.2 Å helical reconstruction of an infectious nucleocapsid of Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus, revealing how dimers of VP39 assemble into a 14-stranded helical tube. We show that VP39 comprises a distinct protein fold conserved across baculoviruses, which includes a Zinc finger domain and a stabilizing intra-dimer sling. Analysis of sample polymorphism shows that VP39 assembles in several closely-related helical geometries. This VP39 reconstruction reveals general principles for baculoviral nucleocapsid assembly. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8taf.cif.gz | 909.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8taf.ent.gz | 773.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8taf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8taf_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8taf_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8taf_validation.xml.gz | 72.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8taf_validation.cif.gz | 106.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ta/8taf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ta/8taf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 41133MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35793.422 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス) 遺伝子: Ac-vp39, LO84_090 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: A0A0N6WHR0 #2: 化合物 | ChemComp-ZN / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: HELICAL ARRAY / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus タイプ: VIRUS / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRION |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): -1900 nm / 最小 デフォーカス(公称値): -400 nm |
撮影 | 電子線照射量: 55 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum |
-解析
EMソフトウェア | 名称: SerialEM / バージョン: 3.8.5 / カテゴリ: 画像取得 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: -7.16 ° / 軸方向距離/サブユニット: 43.86 Å / らせん対称軸の対称性: D14 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 4983 / 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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