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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8t4i | ||||||
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タイトル | Transporter associated with antigen processing (TAP) bound to the 7-mer peptide RRYSTEL | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / ABC transporter / antigen processing / peptide transporter | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib via ER pathway, TAP-dependent / tapasin binding / ABC-type antigen peptide transporter / ABC-type peptide antigen transporter activity / TAP complex / ABC-type peptide transporter activity / TAP1 binding / TAP2 binding / peptide antigen transport / MHC class Ib protein binding ...antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib via ER pathway, TAP-dependent / tapasin binding / ABC-type antigen peptide transporter / ABC-type peptide antigen transporter activity / TAP complex / ABC-type peptide transporter activity / TAP1 binding / TAP2 binding / peptide antigen transport / MHC class Ib protein binding / cytosol to endoplasmic reticulum transport / peptide transmembrane transporter activity / peptide transport / MHC class I protein binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / centriolar satellite / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ADP binding / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / T cell mediated cytotoxicity / transmembrane transport / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / defense response / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / protein transport / ER-Phagosome pathway / adaptive immune response / nuclear speck / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.1 Å | ||||||
データ登録者 | Lee, J. / Oldham, M.L. / Chen, J. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Transporter associated with antigen processing (TAP) bound to the 7-mer peptide RRYSTEL 著者: Lee, J. / Oldham, M.L. / Chen, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8t4i.cif.gz | 197.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8t4i.ent.gz | 146.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8t4i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8t4i_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8t4i_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8t4i_validation.xml.gz | 42.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8t4i_validation.cif.gz | 63.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t4/8t4i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t4/8t4i | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 41032MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 81034.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAP1, ABCB2, PSF1, RING4, Y3 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q03518 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 75736.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAP2, ABCB3, PSF2, RING11, Y1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q03519 |
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 926.030 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Transporter associated with antigen processing bound to the 7-mer peptide RRYSTEL タイプ: COMPLEX / 詳細: Complex of TAP1 and TAP2 / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.156 MDa / 実験値: YES | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: HEK293S GnTI- | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 6.5 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 279 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1849805 | ||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 5.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 24447 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE |