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- PDB-8sw4: BG505 GT1.1 SOSIP in complex with NHP Fabs 21N13, 21M20 and RM20A3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8sw4
タイトルBG505 GT1.1 SOSIP in complex with NHP Fabs 21N13, 21M20 and RM20A3
要素
  • 21M20 heavy chain variable region
  • 21M20 light chain variable region
  • 21N13 heavy chain variable region
  • 21N13 light chain variable region
  • BG505 GT1.1 SOSIP gp120
  • Envelope glycoprotein gp41
  • RM20A3 heavy chain variable region
  • RM20A3 light chain variable region
キーワードVIRAL PROTEIN / germline targeting / HIV-1 Env / neutralizing antibody / non-human primate antibody / CD4 binding site / fusion peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Macaca (オナガザル)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Ozorowski, G. / Torres, J.L. / Zhang, S. / Ward, A.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01 AI110657 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Neutralizing antibodies induced in non-human primates by germline targeting Env trimer
著者: Caniels, T. / Ozorowski, G. / Ward, A.B. / Sanders, R.W.
履歴
登録2023年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: 21M20 heavy chain variable region
L: 21M20 light chain variable region
A: BG505 GT1.1 SOSIP gp120
B: Envelope glycoprotein gp41
E: RM20A3 heavy chain variable region
F: RM20A3 light chain variable region
C: BG505 GT1.1 SOSIP gp120
G: Envelope glycoprotein gp41
J: RM20A3 heavy chain variable region
M: RM20A3 light chain variable region
D: BG505 GT1.1 SOSIP gp120
I: Envelope glycoprotein gp41
K: RM20A3 heavy chain variable region
N: RM20A3 light chain variable region
O: 21N13 heavy chain variable region
P: 21N13 light chain variable region
Q: 21N13 heavy chain variable region
R: 21N13 light chain variable region
S: 21N13 heavy chain variable region
T: 21N13 light chain variable region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)412,57457
ポリマ－402,60320
非ポリマー9,97037
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 3種, 7分子 HACDBGI

#1: タンパク質 21M20 heavy chain variable region


分子量: 13737.351 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca (オナガザル) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 BG505 GT1.1 SOSIP gp120


分子量: 57275.480 Da / 分子数: 3
Mutation: E64K, K169R, Y173H, S174A, R178K, V181I, Q183P, G188N, N189T, E190S, S199A, E275K, N276D, T278R, A316W, N386D, N462D, G471S, A501C
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: タンパク質 Envelope glycoprotein gp41 / Env polyprotein


分子量: 17146.482 Da / 分子数: 3 / Fragment: UNP residues 509-661 / Mutation: I559P, T605C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
細胞株: HEK293F / 遺伝子: env / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q2N0S6

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抗体 , 5種, 13分子 LEJKFMNOQSPRT

#2: 抗体 21M20 light chain variable region


分子量: 11358.563 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca (オナガザル) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 抗体 RM20A3 heavy chain variable region


分子量: 13424.034 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca (オナガザル) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#6: 抗体 RM20A3 light chain variable region


分子量: 11755.821 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca (オナガザル) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#7: 抗体 21N13 heavy chain variable region


分子量: 14476.926 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca (オナガザル) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#8: 抗体 21N13 light chain variable region


分子量: 11757.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca (オナガザル) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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糖 , 3種, 37分子

#9: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#10: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#11: 糖...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: BG505 GT1.1 SOSIP in complex with 21N13 Fab, 21M20 Fab and RM20A3 Fab
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#8 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.77 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Macaca (オナガザル)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: Detergent added shortly before freezing
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMTris1
2150 mMSodium chlorideNaCl1
30.06 mMn-Dodecyl-B-D-Maltopyranoside1
試料濃度: 6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 190000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 48.5 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC4粒子像選択Blob picker
2cryoSPARC4粒子像選択Template picker
3EPU画像取得
5cryoSPARC4CTF補正Patch CTF
14cryoSPARC4３次元再構成Non-uniform refinement
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 242098 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00726890
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.14236494
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.8699745
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0694164
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0064606

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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