+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8sql | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cleaved Ycf1p Monomer in the Beta Conformation | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / ABC transporter | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ABC-type Cd2+ transporter / ABC-type cadmium transporter activity / Recycling of bile acids and salts / Heme degradation / Aspirin ADME / Paracetamol ADME / Atorvastatin ADME / P-type cadmium transporter activity / bilirubin transmembrane transporter activity / bilirubin transport ...ABC-type Cd2+ transporter / ABC-type cadmium transporter activity / Recycling of bile acids and salts / Heme degradation / Aspirin ADME / Paracetamol ADME / Atorvastatin ADME / P-type cadmium transporter activity / bilirubin transmembrane transporter activity / bilirubin transport / ABC-family proteins mediated transport / vacuole fusion, non-autophagic / ABC-type glutathione-S-conjugate transporter / ABC-type glutathione S-conjugate transporter activity / fungal-type vacuole membrane / response to metal ion / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / response to cadmium ion / glutathione metabolic process / cell redox homeostasis / transmembrane transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Bickers, S.C. / Benlekbir, S. / Rubinstein, J.L. / Kanelis, V. | ||||||
資金援助 | カナダ, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cleaved Ycf1p Monomer in the Beta Conformation 著者: Bickers, S.C. / Benlekbir, S. / Rubinstein, J.L. / Kanelis, V. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8sql.cif.gz | 258.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8sql.ent.gz | 203.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8sql.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8sql_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8sql_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8sql_validation.xml.gz | 50.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8sql_validation.cif.gz | 73.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sq/8sql ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sq/8sql | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 40709MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 174024.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: YCF1, YDR135C, YD9302.11C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P39109, ABC-type Cd2+ transporter, ABC-type glutathione-S-conjugate transporter | ||
---|---|---|---|
#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1124.378 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) | ||
#3: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Cleaved Ycf1p IFwide-beta monomer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 4000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 46 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
---|---|
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 96203 / 対称性のタイプ: POINT |