PDB-8soy: Cryo-EM structure of Enoyl-CoA hydratase from Mycobacterium smegmatis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8soy

タイトル

Cryo-EM structure of Enoyl-CoA hydratase from Mycobacterium smegmatis

要素

Enoyl-CoA hydratase EchA21

キーワード

HYDROLASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / Lyase

機能・相同性

Delta(3,5)-Delta(2,4)-dienoyl-CoA isomerase Ech1-like / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / fatty acid beta-oxidation / ClpP/crotonase-like domain superfamily / isomerase activity / lyase activity / Putative enoyl-CoA hydratase echA8

機能・相同性情報

生物種

Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Shek, R. / Quispe, J. / Staker, B. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of Enoyl-CoA hydratase from Mycobacterium smegmatis
著者: Shek, R. / Quispe, J. / Staker, B. / Phan, I.Q. / Barrett, L.Q. / Van Voorhis, W.C.

履歴

登録	2023年4月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年5月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月19日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8soy.cif.gz	231.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8soy.ent.gz	181.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8soy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8soy_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8soy_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8soy_validation.xml.gz	49.1 KB	表示
CIF形式データ	8soy_validation.cif.gz	74.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/so/8soy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/so/8soy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	40671MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Enoyl-CoA hydratase EchA21

B: Enoyl-CoA hydratase EchA21

C: Enoyl-CoA hydratase EchA21

D: Enoyl-CoA hydratase EchA21

E: Enoyl-CoA hydratase EchA21

F: Enoyl-CoA hydratase EchA21

158 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法

#1: タンパク質	Enoyl-CoA hydratase EchA21 分子量: 26379.848 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) 遺伝子: echA8_4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A653F8X5

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: Enoyl-CoA Hydratase hexamer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
由来(組換発現)	生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液	pH: 7
試料	濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持	グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-2/2
急速凍結	装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 296 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm
撮影	電子線照射量: 50.6 e/Å² / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
電子光学装置	エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
phenix.real_space_refine	1.19.2_4158	精密化
PHENIX	1.19.2_4158	精密化

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
1	cryoSPARC	4.2.1	粒子像選択
2	EPU		画像取得
4	cryoSPARC	4.2.1	CTF補正
7	PHENIX	1.14	モデルフィッティング
9	PHENIX	1.14	モデル精密化
10	cryoSPARC	4.2.1	初期オイラー角割当
11	cryoSPARC	4.2.1	最終オイラー角割当
13	cryoSPARC	4.2.1	３次元再構成

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

対称性

点対称性: D₃ (2回x3回 2面回転対称)

3次元再構成

解像度: 2.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1500881 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL

原子モデル構築

Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model

精密化

交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.53 Å²

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.0054	10236
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.721	13960
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.0515	1710
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.0072	1786
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	5.1778	1500

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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