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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8sgy | |||||||||
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タイトル | Leishmania tarentolae propionyl-CoA carboxylase (alpha-5-beta-6) | |||||||||
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![]() | LIGASE / Multienzyme complex / carboxylase | |||||||||
機能・相同性 | ![]() urea carboxylase activity / propionyl-CoA carboxylase / propionyl-CoA carboxylase activity / methylcrotonoyl-CoA carboxylase activity / acetyl-CoA carboxylase complex / lipid catabolic process / mitochondrion / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.62 Å | |||||||||
![]() | Lee, J.K.J. / Liu, Y.T. / Hu, J.J. / Aphasizheva, I. / Aphasizhev, R. / Zhou, Z.H. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: CryoEM reveals oligomeric isomers of a multienzyme complex and assembly mechanics. 著者: Jane K J Lee / Yun-Tao Liu / Jason J Hu / Inna Aphasizheva / Ruslan Aphasizhev / Z Hong Zhou / ![]() 要旨: Propionyl-CoA carboxylase (PCC) is a multienzyme complex consisting of up to six α-subunits and six β-subunits. Belonging to a metabolic pathway converging on the citric acid cycle, it is present ...Propionyl-CoA carboxylase (PCC) is a multienzyme complex consisting of up to six α-subunits and six β-subunits. Belonging to a metabolic pathway converging on the citric acid cycle, it is present in most forms of life and irregularities in its assembly lead to serious illness in humans, known as propionic acidemia. Here, we report the cryogenic electron microscopy (cryoEM) structures and assembly of different oligomeric isomers of endogenous PCC from the parasitic protozoan (LtPCC). These structures and their statistical distribution reveal the mechanics of PCC assembly and disassembly at equilibrium. We show that, in solution, endogenous LtPCC β-subunits form stable homohexamers, to which different numbers of α-subunits attach. Sorting LtPCC particles into seven classes (i.e., oligomeric formulae αβ, αβ, αβ, αβ, αβ, αβ, αβ) enables formulation of a model for PCC assembly. Our results suggest how multimerization regulates PCC enzymatic activity and showcase the utility of cryoEM in revealing the statistical mechanics of reaction pathways. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1014.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 855.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 40473MC ![]() 8sgxC ![]() 8sgzC C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 73277.656 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 53587.285 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #3: 化合物 | ChemComp-BTI / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Leishmania tarentolae propionyl-CoA carboxylase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 1.5/v9 / 分類: モデル構築 / URL: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ / Os: Windows / タイプ: package |
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EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / カテゴリ: モデル精密化 |
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
3次元再構成 | 解像度: 8.62 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 16034 / 対称性のタイプ: POINT |