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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8s94 | ||||||
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タイトル | Structure of C-terminal domains of Walker B mutated MCM8/9 heterohexamer complex with ADP | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN / DNA Replication / DNA repair | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 MutLbeta complex binding / MutSbeta complex binding / recombinational interstrand cross-link repair / MCM8-MCM9 complex / male gamete generation / mismatch repair involved in maintenance of fidelity involved in DNA-dependent DNA replication / MutSalpha complex binding / CDC6 association with the ORC:origin complex / female gamete generation / E2F-enabled inhibition of pre-replication complex formation ...MutLbeta complex binding / MutSbeta complex binding / recombinational interstrand cross-link repair / MCM8-MCM9 complex / male gamete generation / mismatch repair involved in maintenance of fidelity involved in DNA-dependent DNA replication / MutSalpha complex binding / CDC6 association with the ORC:origin complex / female gamete generation / E2F-enabled inhibition of pre-replication complex formation / Unwinding of DNA / MCM complex / DNA duplex unwinding / Activation of the pre-replicative complex / Activation of ATR in response to replication stress / protein localization to chromatin / helicase activity / double-strand break repair via homologous recombination / Orc1 removal from chromatin / large ribosomal subunit / chromosome / single-stranded DNA binding / DNA helicase / protein stabilization / structural constituent of ribosome / translation / DNA damage response / chromatin binding / enzyme binding / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.94 Å | ||||||
データ登録者 | Li, C. / Gao, Y. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023 タイトル: Activity, substrate preference and structure of the HsMCM8/9 helicase. 著者: David R McKinzey / Chuxuan Li / Yang Gao / Michael A Trakselis / 要旨: The minichromosomal maintenance proteins, MCM8 and MCM9, are more recent evolutionary additions to the MCM family, only cooccurring in selected higher eukaryotes. Mutations in these genes are ...The minichromosomal maintenance proteins, MCM8 and MCM9, are more recent evolutionary additions to the MCM family, only cooccurring in selected higher eukaryotes. Mutations in these genes are directly linked to ovarian insufficiency, infertility, and several cancers. MCM8/9 appears to have ancillary roles in fork progression and recombination of broken replication forks. However, the biochemical activity, specificities and structures have not been adequately illustrated, making mechanistic determination difficult. Here, we show that human MCM8/9 (HsMCM8/9) is an ATP dependent DNA helicase that unwinds fork DNA substrates with a 3'-5' polarity. High affinity ssDNA binding occurs in the presence of nucleoside triphosphates, while ATP hydrolysis weakens the interaction with DNA. The cryo-EM structure of the HsMCM8/9 heterohexamer was solved at 4.3 Å revealing a trimer of heterodimer configuration with two types of interfacial AAA+ nucleotide binding sites that become more organized upon binding ADP. Local refinements of the N or C-terminal domains (NTD or CTD) improved the resolution to 3.9 or 4.1 Å, respectively, and shows a large displacement in the CTD. Changes in AAA+ CTD upon nucleotide binding and a large swing between the NTD and CTD likely implies that MCM8/9 utilizes a sequential subunit translocation mechanism for DNA unwinding. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8s94.cif.gz | 429.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8s94.ent.gz | 311.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8s94.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8s94_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8s94_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8s94_validation.xml.gz | 66.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8s94_validation.cif.gz | 95.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s9/8s94 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s9/8s94 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 40236MC 8s91C 8s92C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 93817.703 Da / 分子数: 3 / 変異: E519Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCM8, C20orf154 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UJA3, DNA helicase #2: タンパク質 | 分子量: 127485.594 Da / 分子数: 3 / 変異: E415Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCM9, C6orf61, MCMDC1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9NXL9, DNA helicase #3: 化合物 | ChemComp-ADP / #4: 化合物 | ChemComp-MG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Structure of Walker B mutated MCM8/9 heterohexamer complex with ADP タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.5 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 700 nm |
撮影 | 電子線照射量: 49 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 |
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CTF補正 | タイプ: NONE |
3次元再構成 | 解像度: 3.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 227818 / 対称性のタイプ: POINT |