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万見
- PDB-8s8b: Phenylalanyl-tRNA Synthetase Domain Swap: evolutionary advantage? -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8s8b
タイトルPhenylalanyl-tRNA Synthetase Domain Swap: evolutionary advantage?
要素
  • Phenylalanyl-tRNA Synthetase alpha subunit
  • Phenylalanyl-tRNA Synthetase beta subunit
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Ligase Phenylalanine tRNA PheRS
生物種Caenorhabditis tropicalis (無脊椎動物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Real-Hohn, A. / Ross, J.J. / Stefania, V. / Burga, A. / Dong, G.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science FundP34880 オーストリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Phenylalanyl-tRNA Synthetase Domain Swap: evolutionary advantage?
著者: Real-Hohn, A. / Ross, J.J. / Stefania, V. / Burga, A. / Dong, G.
履歴
登録2024年3月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月19日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月19日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月19日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月19日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月19日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月19日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phenylalanyl-tRNA Synthetase alpha subunit
B: Phenylalanyl-tRNA Synthetase alpha subunit
C: Phenylalanyl-tRNA Synthetase beta subunit
D: Phenylalanyl-tRNA Synthetase beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)245,5366
ポリマ－245,4884
非ポリマー492
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "B"
d_1ens_2chain "D"
d_2ens_2chain "C"

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_1ens_1LEULEULYSLYSAA185 - 496185 - 496
d_2ens_1LEULEULYSLYSBB185 - 496185 - 496
d_1ens_2PROPROLEULEUDD2 - 5902 - 590
d_2ens_2PROPROLEULEUCC2 - 5902 - 590

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.999992612528, 0.00366169233073, -0.00116914401666), (-0.00365824636605, -0.999988998262, -0.00293608386829), (-0.00117988218982, -0.00293178516121, 0.999995006244)326.639845367, 328.170494405, 0.617161611587
2given(-0.999999999329, -1.16259974773E-5, 3.47277150406E-5), (1.16247904242E-5, -0.999999999328, -3.47576321979E-5), (3.47281191095E-5, -3.47572284721E-5, 0.999999998793)326.997227582, 327.00237392, -0.00286324510287

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要素

#1: タンパク質 Phenylalanyl-tRNA Synthetase alpha subunit / Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit


分子量: 56155.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis tropicalis (無脊椎動物)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: phenylalanine-tRNA ligase
#2: タンパク質 Phenylalanyl-tRNA Synthetase beta subunit / Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit


分子量: 66588.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis tropicalis (無脊椎動物)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: phenylalanine-tRNA ligase
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Phenylalanyl-tRNA Synthetase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.244 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Caenorhabditis tropicalis (無脊椎動物)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
140 mMTrisTris-HCl1
2200 mMSodium ChlorideNaCl1
35 mMMagnesium DichlorideMgCl21
410 mM2-Mercaptoethanol2-ME1
55 % (v/v)GlycerolGlycerol1
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 293 K / 詳細: Grids were blotted for 3 s

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 2561

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
7PHENIX1.20.1モデルフィッティング
8Coot0.9.8.7モデルフィッティング
CTF補正詳細: Patch CTF / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 949918 / 詳細: 2D class template auto picker
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 178962 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 75.15 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002714714
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.45819920
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04262214
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00362580
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.07445532
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAELECTRON MICROSCOPYNCS constraints4.97441739463E-13
ens_2d_2DDELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.28941721118E-11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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