PDB-8s5g: BceABS nucleotide-free state

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8s5g

タイトル

BceABS nucleotide-free state

要素

Bacitracin export ATP-binding protein BceA
Bacitracin export permease protein BceB
Sensor protein BceS

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / ABC transporter / bacitracin resistance

機能・相同性

機能・相同性情報

protein histidine kinase activity / histidine kinase / phosphorelay signal transduction system / transmembrane transporter activity / transmembrane transport / response to antibiotic / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å

データ登録者

McAndrew, M.B.L. / Brotherton, D.H. / Crow, A.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: BceABS nucleotide-free state
著者: McAndrew, M.B.L. / Brotherton, D.H. / Stansfeld, P.J. / Crow, A.

履歴

登録	2024年2月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年9月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月3日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月3日	Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月3日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月3日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月3日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月3日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月3日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8s5g.cif.gz	303.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8s5g.ent.gz	199 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8s5g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8s5g_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8s5g_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8s5g_validation.xml.gz	57.8 KB	表示
CIF形式データ	8s5g_validation.cif.gz	85.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/8s5g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/8s5g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	19734MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (4) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (4) #123 - 2010年3月 P-糖タンパク質 (P-glycoprotein) 類似性 (3) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (3) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (4)
#183 - 2015年3月
フォトトロピン (Phototropin)
類似性 (4)
#123 - 2010年3月
P-糖タンパク質 (P-glycoprotein)
類似性 (3)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (3)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Bacitracin export permease protein BceB

B: Bacitracin export ATP-binding protein BceA

C: Bacitracin export ATP-binding protein BceA

D: Sensor protein BceS

E: Sensor protein BceS

ヘテロ分子

213 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Bacitracin export permease protein BceB 分子量: 72262.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 遺伝子: bceB, barD, ytsD, BSU30370 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: O34741
#2: タンパク質	Bacitracin export ATP-binding protein BceA 分子量: 30446.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 遺伝子: bceA, barC, ytsC, BSU30380 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: O34697
#3: タンパク質	Sensor protein BceS 分子量: 38811.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 遺伝子: bceS, barB, ytsB, BSU30390 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: O35044, histidine kinase
#4: 化合物	ChemComp-3PE / 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE 分子量: 748.065 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₁H₈₂NO₈P / コメント: リン脂質*YM
#5: 化合物	ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL 分子量: 1464.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈₁H₁₅₆O₁₇P₂ / コメント: リン脂質*YM
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: Detergent solubilised BceABS complex. / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT

分子量

値: 0.21 MDa / 実験値: NO

由来(天然)

生物種:

Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)

由来(組換発現)

生物種:

Escherichia coli (大腸菌) / 株: C43(DE3) / プラスミド: pETDUET-1

緩衝液

pH: 8
詳細: 20mM HEPES pH 8.0, 150mM NaCl, made up to 165mM at the point of freezing, 0.005% LMNG

緩衝液成分

ID	濃度	名称	式	Buffer-ID
1	165 mM	sodium chloride	NaCl	1
2	20 mM	HEPES buffer	HEPES	1
3	0.005 %	Lauryl Maltose Neopentyl Glycol	LMNG	1

試料

濃度: 1.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: mono disperse from size exclusion

試料支持

詳細: 35mA glow discharge / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3

急速凍結

装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 297 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 900 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ	試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9038
電子光学装置	エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ	詳細
1	RELION	4.0 beta 2	粒子像選択
2	EPU	2.13	画像取得
4	CTFFIND	4	CTF補正	as implemented in Relion
7	UCSF ChimeraX	1.3	モデルフィッティング
12	RELION	5-beta	３次元再構成
13	PHENIX	1.20.1	モデル精密化
14	ISOLDE		モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

粒子像の選択

選択した粒子像数: 4778215

3次元再構成

解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 940216 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model

精密化

交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

原子変位パラメータ

B_iso mean: 87.97 Å²

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.0019	11015
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.4865	14791
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.0375	1685
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.0027	1826
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	5.5257	1536

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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