PDB-8s3o: Structure of native human CD109

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8s3o

タイトル

Structure of native human CD109

要素

CD109 antigen

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Protease inhibitor / Native conformation / Alfa-macroglobulin

機能・相同性

機能・相同性情報

osteoclast fusion / regulation of keratinocyte differentiation / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / negative regulation of wound healing / platelet alpha granule membrane / keratinocyte proliferation / hair follicle development / negative regulation of keratinocyte proliferation / negative regulation of stem cell proliferation / side of membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.99 Å

データ登録者

Almeida, V.A. / Andersen, G.R.

資金援助

デンマーク, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of native human CD109
著者: Almeida, V.A. / Andersen, G.R.

履歴

登録	2024年2月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年3月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年3月5日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年3月5日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年3月5日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年3月5日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年3月5日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年3月5日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8s3o.cif.gz	507.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8s3o.ent.gz	417 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8s3o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/8s3o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/8s3o	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	19699MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (1) #96 - 2007年12月酸化スクアレン環化酵素 (Oxidosqualene Cyclase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CD109 antigen

ヘテロ分子

164 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, monomer

#1: タンパク質

CD109 antigen / 150 kDa TGF-beta-1-binding protein / C3 and PZP-like alpha-2-macroglobulin domain-containing ...

分子量: 161851.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD109, CPAMD7 / プラスミド: pcDNA3.1(+) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 器官 (発現宿主): kidney / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / Variant (発現宿主): Native / 参照: UniProt: Q6YHK3

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: Monomeric native non-GPI bounded CD109 / タイプ: RIBOSOME
詳細: C-terminal GPI motif (residues 1421-1445) was removed
Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT

分子量

値: 0.165 MDa / 実験値: YES

由来(天然)

生物種:

Homo sapiens (ヒト)

由来(組換発現)

生物種:

Homo sapiens (ヒト) / 株: HEK293 / プラスミド: pcDNA3.1(+)

緩衝液

pH: 7.4

緩衝液成分

ID	濃度	名称	式	Buffer-ID
1	20 mM	HEPES	C₈H₁₈N₂O₄S	1
2	150 mM	Sodium Chloride	NaCl	1
3	6 mM	CHAPS	C₃₂H₅₈N₂O₇S	1

試料

濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Monodisperse sample

試料支持

グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Au-flat 1.2/1.3

急速凍結

装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 279.15 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 1700 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影	電子線照射量: 59.9 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 9975

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
1	cryoSPARC	4.04	粒子像選択
2	EPU		画像取得
4	cryoSPARC	4.04	CTF補正
7	Coot	10	モデルフィッティング
9	cryoSPARC	4.04	初期オイラー角割当
10	cryoSPARC	4.04	最終オイラー角割当
11	cryoSPARC	4.04	分類
12	cryoSPARC	4.04	３次元再構成
13	PHENIX	1.2	モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

粒子像の選択

選択した粒子像数: 5307660

対称性

点対称性: C₁ (非対称)

3次元再構成

解像度: 2.99 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 273564 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

プロトコル: RIGID BODY FIT

原子モデル構築

Accession code: Q6YHK3 / Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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