+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8s1p | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | YlmH bound to PtRNA-50S | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | RIBOSOME / LSU / 50S / RQC / YlmH | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of rRNA processing / nucleoid / rRNA processing / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit ...positive regulation of rRNA processing / nucleoid / rRNA processing / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.96 Å | ||||||
![]() | Paternoga, H. / Dimitrova-Paternoga, L. / Wilson, D.N. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: A role for the S4-domain containing protein YlmH in ribosome-associated quality control in Bacillus subtilis. 著者: Hiraku Takada / Helge Paternoga / Keigo Fujiwara / Jose A Nakamoto / Esther N Park / Lyudmila Dimitrova-Paternoga / Bertrand Beckert / Merilin Saarma / Tanel Tenson / Allen R Buskirk / Gemma ...著者: Hiraku Takada / Helge Paternoga / Keigo Fujiwara / Jose A Nakamoto / Esther N Park / Lyudmila Dimitrova-Paternoga / Bertrand Beckert / Merilin Saarma / Tanel Tenson / Allen R Buskirk / Gemma C Atkinson / Shinobu Chiba / Daniel N Wilson / Vasili Hauryliuk / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 要旨: Ribosomes trapped on mRNAs during protein synthesis need to be rescued for the cell to survive. The most ubiquitous bacterial ribosome rescue pathway is trans-translation mediated by tmRNA and SmpB. ...Ribosomes trapped on mRNAs during protein synthesis need to be rescued for the cell to survive. The most ubiquitous bacterial ribosome rescue pathway is trans-translation mediated by tmRNA and SmpB. Genetic inactivation of trans-translation can be lethal, unless ribosomes are rescued by ArfA or ArfB alternative rescue factors or the ribosome-associated quality control (RQC) system, which in Bacillus subtilis involves MutS2, RqcH, RqcP and Pth. Using transposon sequencing in a trans-translation-incompetent B. subtilis strain we identify a poorly characterized S4-domain-containing protein YlmH as a novel potential RQC factor. Cryo-EM structures reveal that YlmH binds peptidyl-tRNA-50S complexes in a position analogous to that of S4-domain-containing protein RqcP, and that, similarly to RqcP, YlmH can co-habit with RqcH. Consistently, we show that YlmH can assume the role of RqcP in RQC by facilitating the addition of poly-alanine tails to truncated nascent polypeptides. While in B. subtilis the function of YlmH is redundant with RqcP, our taxonomic analysis reveals that in multiple bacterial phyla RqcP is absent, while YlmH and RqcH are present, suggesting that in these species YlmH plays a central role in the RQC. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 2.4 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 19638MC ![]() 8s1uC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
+50S ribosomal protein ... , 22種, 22分子 346CDEFJKLMNOPRSUXY012
-RNA鎖 , 3種, 3分子 ABa
#4: RNA鎖 | 分子量: 949761.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() |
---|---|
#5: RNA鎖 | 分子量: 36157.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: GenBank: 1150402534 |
#29: RNA鎖 | 分子量: 24491.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: GenBank: 1837880844 |
-Large ribosomal subunit protein ... , 5種, 5分子 GQTWZ
#10: タンパク質 | 分子量: 19543.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P46898 |
---|---|
#18: タンパク質 | 分子量: 13669.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P55873 |
#21: タンパク質 | 分子量: 10978.813 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P42924 |
#23: タンパク質 | 分子量: 10391.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P05657 |
#26: タンパク質 | 分子量: 6650.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P19947 |
-タンパク質・ペプチド / タンパク質 , 2種, 2分子 bV
#27: タンパク質・ペプチド | 分子量: 358.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() |
---|---|
#28: タンパク質 | 分子量: 30823.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ylmH, BSU15410 / 発現宿主: ![]() ![]() |
-非ポリマー , 5種, 2981分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/CLM.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/CLM.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#33: 化合物 | ChemComp-ZN / #34: 化合物 | ChemComp-K / #35: 化合物 | ChemComp-CLM / | #36: 化合物 | ChemComp-MG / #37: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-
試料調製
構成要素 | 名称: 50S ribosomal subunit with stalled P-tRNA-nascent chain, bound by YlmH タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#32 / 由来: NATURAL |
---|---|
分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R3/3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 900 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 400 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
-
解析
EMソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2550984 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 1.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 66113 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 1.96→1.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.884 / WRfactor Rwork: 0.286 / SU B: 4.668 / SU ML: 0.111 / Average fsc free: 0 / Average fsc overall: 0.837 / Average fsc work: 0.837 / ESU R: 0.111 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: NONE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 57.13 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|