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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8rzl | ||||||
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タイトル | Sulfolobus acidocaldarius threads (0406) filament. | ||||||
要素 | Sulfolobus acidocaldarius threads (0406) filament. | ||||||
キーワード | PROTEIN FIBRIL / cell surface appendage / N-glycosylation / O-glycosylation | ||||||
機能・相同性 | alpha-D-mannopyranose / Uncharacterized protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.65 Å | ||||||
データ登録者 | Isupov, M.N. / Gaines, M. / McLaren, M. / Daum, B. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Sulfolobus acidocaldarius threads (0406) filament. 著者: Isupov, M.N. / Gaines, M. / McLaren, M. / Daum, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8rzl.cif.gz | 226.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8rzl.ent.gz | 193.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8rzl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8rzl_validation.pdf.gz | 3.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8rzl_full_validation.pdf.gz | 3.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8rzl_validation.xml.gz | 44.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8rzl_validation.cif.gz | 62.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/8rzl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/8rzl | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 19608MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19720.252 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性) 参照: UniProt: Q4JBK8 #2: 多糖 | beta-D-glucopyranose-(1-4)-6-deoxy-6-sulfo-beta-D-glucopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-4)] ...beta-D-glucopyranose-(1-4)-6-deoxy-6-sulfo-beta-D-glucopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-4)][alpha-D-mannopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1137.028 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 組換発現 #3: 糖 | ChemComp-MAN / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Filament 0406 / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性) |
緩衝液 | pH: 3 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 2.57 sec. / 電子線照射量: 43.3 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 20579 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: -103.281 ° / 軸方向距離/サブユニット: 31.65 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.65 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 626078 / 対称性のタイプ: HELICAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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精密化 | 解像度: 2.65→212.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / SU B: 4.785 / SU ML: 0.085 / ESU R: 0.089 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 106.998 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 合計: 8895 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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