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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8rtb | |||||||||||||||
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タイトル | Extended inner membrane complex (IMC) protomer structure (TrwM/VirB3-TrwK/VirB4-TrwI/VirB6-TrwG/VirB8-TrwE/VirB10) from the fully-assembled R388 type IV secretion system determined by cryo-EM. | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / type IV secretion system type 4 secretion system T4SS inner membrane complex IMC IMC-protomer Extended IMC R388 plasmid conjugation bacterial secretion secretion secretion system protein complex VirB3 VirB4 VirB6 VirB8 VirB10 TrwM TrwK TrwI TrwG TrwE | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein secretion by the type IV secretion system / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.83 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Mace, K. / Waksman, G. | |||||||||||||||
資金援助 | 英国, 4件
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引用 | ジャーナル: To Be Published / 年: 2024 タイトル: Cryo-EM structure of a conjugative type 4 secretion system identifies a molecular switch regulating conjugative pilus biogenesis 著者: Mace, K. / Waksman, G. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8rtb.cif.gz | 342.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8rtb.ent.gz | 264.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8rtb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8rtb_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8rtb_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8rtb_validation.xml.gz | 72.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8rtb_validation.cif.gz | 106.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rt/8rtb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rt/8rtb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 19485MC 8rt4C 8rt5C 8rt6C 8rt7C 8rt8C 8rt9C 8rtaC 8rtdC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12292.585 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Sequence from conjugative plasmid R388 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: trwM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O50329 | ||||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 93769.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Sequence from conjugative plasmid R388 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: trwK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O50330 #3: タンパク質 | 分子量: 25799.994 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Sequence from conjugative plasmid R388 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: trwG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O50335 #4: タンパク質 | | 分子量: 42443.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Sequence from conjugative plasmid R388 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: trwE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O50337 #5: タンパク質 | | 分子量: 35324.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Sequence from conjugative plasmid R388 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: trwI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O50333 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Extended IMC-protomer complex from the fully-assembled R388 type IV secretion system タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.6 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 3300 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 57.5 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.83 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 234578 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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