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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8rmk | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human CALHM2 in complex with synthetic nanobody SbC2 | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / ion channel / large pore channels / sybody / CALHM | ||||||
機能・相同性 | Calcium homeostasis modulator family / Calcium homeostasis modulator / monoatomic cation channel activity / positive regulation of apoptotic process / membrane / DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / Calcium homeostasis modulator protein 2 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.07 Å | ||||||
データ登録者 | Drozdzyk, K. / Dutzler, R. | ||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural features of heteromeric channels composed of CALHM2 and CALHM4 paralogs 著者: Drozdzyk, K. / Peter, M. / Dutzler, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8rmk.cif.gz | 868.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8rmk.ent.gz | 723.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8rmk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8rmk_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8rmk_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8rmk_validation.xml.gz | 130.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8rmk_validation.cif.gz | 173.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rm/8rmk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rm/8rmk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37099.535 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CALHM2, FAM26B / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9HA72 #2: 抗体 | 分子量: 16803.340 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli MC1061 (大腸菌) #3: 化合物 | ChemComp-PLC / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Complex of CALHM2 channel with synthetic nanobody SbC2 タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.59 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.6 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 72 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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対称性 | 点対称性: C11 (11回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.07 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 37894 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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