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- PDB-8rew: CryoEM structure of human GARP-lTGFbeta1 in complex with a Fab fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rew
タイトルCryoEM structure of human GARP-lTGFbeta1 in complex with a Fab fragment derived from an activating antibody.
要素
  • (Transforming growth factor ...) x 2
  • (hFab LHT-22, ...) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / GARP / TGF-B1 / ACTIVATION / TREG / ANTIBODY
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of protein localization to extracellular region / cellular response to acetaldehyde / Influenza Virus Induced Apoptosis / adaptive immune response based on somatic recombination of immune receptors built from immunoglobulin superfamily domains / positive regulation of microglia differentiation / regulation of interleukin-23 production / branch elongation involved in mammary gland duct branching / positive regulation of primary miRNA processing / columnar/cuboidal epithelial cell maturation / negative regulation of skeletal muscle tissue development ...establishment of protein localization to extracellular region / cellular response to acetaldehyde / Influenza Virus Induced Apoptosis / adaptive immune response based on somatic recombination of immune receptors built from immunoglobulin superfamily domains / positive regulation of microglia differentiation / regulation of interleukin-23 production / branch elongation involved in mammary gland duct branching / positive regulation of primary miRNA processing / columnar/cuboidal epithelial cell maturation / negative regulation of skeletal muscle tissue development / regulation of branching involved in mammary gland duct morphogenesis / macrophage derived foam cell differentiation / frontal suture morphogenesis / regulation of enamel mineralization / regulation of cartilage development / TGFBR2 MSI Frameshift Mutants in Cancer / regulation of striated muscle tissue development / regulatory T cell differentiation / regulation of blood vessel remodeling / tolerance induction to self antigen / regulation of protein import into nucleus / response to laminar fluid shear stress / embryonic liver development / extracellular matrix assembly / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / negative regulation of hyaluronan biosynthetic process / type III transforming growth factor beta receptor binding / positive regulation of cardiac muscle cell differentiation / myofibroblast differentiation / odontoblast differentiation / positive regulation of odontogenesis / connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / Langerhans cell differentiation / TGFBR2 Kinase Domain Mutants in Cancer / positive regulation of smooth muscle cell differentiation / positive regulation of exit from mitosis / secondary palate development / negative regulation of macrophage cytokine production / positive regulation of isotype switching to IgA isotypes / positive regulation of mesenchymal stem cell proliferation / SMAD2/3 Phosphorylation Motif Mutants in Cancer / TGFBR1 KD Mutants in Cancer / membrane protein intracellular domain proteolysis / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / retina vasculature development in camera-type eye / heart valve morphogenesis / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / mammary gland branching involved in thelarche / bronchiole development / hyaluronan catabolic process / positive regulation of vasculature development / lens fiber cell differentiation / positive regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of extracellular matrix disassembly / ATP biosynthetic process / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / type II transforming growth factor beta receptor binding / receptor catabolic process / positive regulation of chemotaxis / TGFBR1 LBD Mutants in Cancer / receptor ligand inhibitor activity / type I transforming growth factor beta receptor binding / germ cell migration / negative regulation of biomineral tissue development / positive regulation of mononuclear cell migration / phospholipid homeostasis / response to salt / endoderm development / negative regulation of myoblast differentiation / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / positive regulation of vascular permeability / response to cholesterol / oligodendrocyte development / negative regulation of interleukin-17 production / surfactant homeostasis / deubiquitinase activator activity / phosphate-containing compound metabolic process / transforming growth factor beta binding / response to vitamin D / sprouting angiogenesis / negative regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / positive regulation of fibroblast migration / cell-cell junction organization / aortic valve morphogenesis / negative regulation of ossification / digestive tract development / face morphogenesis / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / neural tube development / positive regulation of regulatory T cell differentiation / ureteric bud development / negative regulation of cytokine production / Molecules associated with elastic fibres / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / negative regulation of phagocytosis / lung alveolus development / negative regulation of neuroblast proliferation / Syndecan interactions
類似検索 - 分子機能
Transforming growth factor beta-1 proprotein / Transforming growth factor-beta / Leucine rich repeat N-terminal domain / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Leucine-rich repeat N-terminal domain ...Transforming growth factor beta-1 proprotein / Transforming growth factor-beta / Leucine rich repeat N-terminal domain / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / Leucine-rich repeats, bacterial type / Cystine-knot cytokine / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Transforming growth factor beta-1 proprotein / Transforming growth factor beta activator LRRC32
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.98 Å
データ登録者Felix, J. / Lambert, F. / Marien, L. / van der Woning, B. / Savvides, S.N. / Lucas, S.
資金援助 ベルギー, 5件
組織認可番号国
Other privateFondation contre le Cancer / 2020-079
Other governmentARC / 19/24-098 ベルギー
Fonds National de la Recherche Scientifique (FNRS)PDR / T.0145.21 ベルギー
Fonds National de la Recherche Scientifique (FNRS)WELBIO / CR2019A-02R ベルギー
Other privateSalus Sanguinis
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: TGF-beta1 activating antibodies as novel immunotherapeutics for graft-versus-host disease.
著者: Lambert, F. / Felix, J. / Wautier, S. / Gaignage, M. / Dupre, E. / Marien, L. / Lesage, M. / van der Woning, B. / Coulie, P.G. / Savvides, S.N. / Lucas, S.
履歴
登録2023年12月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transforming growth factor beta-1
B: Transforming growth factor beta-1
C: Transforming growth factor beta-1
D: Transforming growth factor beta-1
E: Transforming growth factor beta activator LRRC32
F: hFab LHT-22, Light Chain
G: hFab LHT-22, Heavy Chain
H: hFab LHT-22, Heavy Chain
I: hFab LHT-22, Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)356,56717
ポリマ－353,5399
非ポリマー3,0288
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25270 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area65600 Å2
手法PISA

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要素

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Transforming growth factor ... , 2種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質
Transforming growth factor beta-1 / TGF-beta-1


分子量: 44383.051 Da / 分子数: 4 / 断片: LAP / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TGFB1, TGFB / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01137
#2: タンパク質 Transforming growth factor beta activator LRRC32 / Garpin / Glycoprotein A repetitions predominant / GARP / Leucine-rich repeat-containing protein 32


分子量: 73261.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LRRC32, D11S833E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14392

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抗体 , 2種, 4分子 FIGH

#3: 抗体 hFab LHT-22, Light Chain


分子量: 25104.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 hFab LHT-22, Heavy Chain


分子量: 26268.613 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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糖 , 3種, 8分子

#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: human GAPR-lTGFbeta1 in complex with Fab LHT-22. / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #2-#4 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 260 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
125 mMHEPESC8H18N2O4S1
2150 mMsodium chlorideNaCl1
試料濃度: 0.13 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: Grids were acquired via PUXANO (https://puxano.com) / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影平均露光時間: 3.37 sec. / 電子線照射量: 61.8 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 13898
詳細: A total of 6678 untilted movies were collected with a defocus of 0.8 to 2 micrometer. Following untilted data collection, 4020 movies were collected at 16 degree tilt and 3200 movies were ...詳細: A total of 6678 untilted movies were collected with a defocus of 0.8 to 2 micrometer. Following untilted data collection, 4020 movies were collected at 16 degree tilt and 3200 movies were collected at 35 degree tilt, all using similar microscope settings.

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM画像取得
4cryoSPARC4.2.1CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9cryoSPARC初期オイラー角割当
10cryoSPARC最終オイラー角割当
11cryoSPARC分類
12cryoSPARC３次元再構成
13PHENIX1.19.2-4158モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 320551 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 6GFF

6gff


Accession code: 6GFF / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00412682
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.73517270
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.741840
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0462032
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0072199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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