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- PDB-8rdv: Cryo-EM structure of P. urativorans 70S ribosome in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rdv
タイトルCryo-EM structure of P. urativorans 70S ribosome in complex with hibernation factor Balon, mRNA and P-site tRNA (structure 2).
要素
  • (Heterogenous ...) x 2
  • (Large ribosomal subunit protein ...) x 29
  • (Small ribosomal subunit protein ...) x 20
  • 16S rRNA
  • 23S rRNA
  • 5S rRNA
  • Elongation factor Tu
  • Methyl-accepting chemotaxis protein
キーワードRIBOSOME / Hibernation factor / Dormancy / Balon
機能・相同性
機能・相同性情報


guanosine tetraphosphate binding / translation elongation factor activity / ribosomal small subunit biogenesis / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity ...guanosine tetraphosphate binding / translation elongation factor activity / ribosomal small subunit biogenesis / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / RNA binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bacterial archaeo-eukaryotic release factor family 3 / Bacterial archaeo-eukaryotic release factor family 3 / Ribosomal protein L31 type B / Translation elongation factor EFTu/EF1A, bacterial/organelle / Elongation factor Tu, domain 2 / Elongation factor Tu (EF-Tu), GTP-binding domain / : / Translation elongation factor EFTu/EF1A, C-terminal / Elongation factor Tu C-terminal domain / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal ...Bacterial archaeo-eukaryotic release factor family 3 / Bacterial archaeo-eukaryotic release factor family 3 / Ribosomal protein L31 type B / Translation elongation factor EFTu/EF1A, bacterial/organelle / Elongation factor Tu, domain 2 / Elongation factor Tu (EF-Tu), GTP-binding domain / : / Translation elongation factor EFTu/EF1A, C-terminal / Elongation factor Tu C-terminal domain / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Elongation factor Tu domain 2 / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Ribosomal protein L31 signature. / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / : / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / : / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS14 ...: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Methyl-accepting chemotaxis protein / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL31B / Small ribosomal subunit protein bS21 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Elongation factor Tu / Large ribosomal subunit protein bL17 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein bL21
類似検索 - 構成要素
生物種Psychrobacter urativorans (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Helena-Bueno, K. / Rybak, M.Y. / Gagnon, M.G. / Hill, C.H. / Melnikov, S.V.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Royal SocietyRGS/R2/202003 英国
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: A new family of bacterial ribosome hibernation factors.
著者: Karla Helena-Bueno / Mariia Yu Rybak / Chinenye L Ekemezie / Rudi Sullivan / Charlotte R Brown / Charlotte Dingwall / Arnaud Baslé / Claudia Schneider / James P R Connolly / James N Blaza / ...著者: Karla Helena-Bueno / Mariia Yu Rybak / Chinenye L Ekemezie / Rudi Sullivan / Charlotte R Brown / Charlotte Dingwall / Arnaud Baslé / Claudia Schneider / James P R Connolly / James N Blaza / Bálint Csörgő / Patrick J Moynihan / Matthieu G Gagnon / Chris H Hill / Sergey V Melnikov /
要旨: To conserve energy during starvation and stress, many organisms use hibernation factor proteins to inhibit protein synthesis and protect their ribosomes from damage. In bacteria, two families of ...To conserve energy during starvation and stress, many organisms use hibernation factor proteins to inhibit protein synthesis and protect their ribosomes from damage. In bacteria, two families of hibernation factors have been described, but the low conservation of these proteins and the huge diversity of species, habitats and environmental stressors have confounded their discovery. Here, by combining cryogenic electron microscopy, genetics and biochemistry, we identify Balon, a new hibernation factor in the cold-adapted bacterium Psychrobacter urativorans. We show that Balon is a distant homologue of the archaeo-eukaryotic translation factor aeRF1 and is found in 20% of representative bacteria. During cold shock or stationary phase, Balon occupies the ribosomal A site in both vacant and actively translating ribosomes in complex with EF-Tu, highlighting an unexpected role for EF-Tu in the cellular stress response. Unlike typical A-site substrates, Balon binds to ribosomes in an mRNA-independent manner, initiating a new mode of ribosome hibernation that can commence while ribosomes are still engaged in protein synthesis. Our work suggests that Balon-EF-Tu-regulated ribosome hibernation is a ubiquitous bacterial stress-response mechanism, and we demonstrate that putative Balon homologues in Mycobacteria bind to ribosomes in a similar fashion. This finding calls for a revision of the current model of ribosome hibernation inferred from common model organisms and holds numerous implications for how we understand and study ribosome hibernation.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: A bacterial ribosome hibernation factor with evolutionary connections to eukaryotic protein synthesis
著者: Helena-Bueno, K. / Ekemezie, C.L. / Brown, C.R. / Basle, A. / Blaza, J.N. / Hill, C.H. / Melnikov, S.V.
履歴
登録2023年12月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年3月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Methyl-accepting chemotaxis protein
F: Small ribosomal subunit protein uS9
H: Elongation factor Tu
Z2: 23S rRNA
R3: Small ribosomal subunit protein bS18
A4: Small ribosomal subunit protein uS2
E5: Small ribosomal subunit protein uS5
L6: Small ribosomal subunit protein uS12
F7: Large ribosomal subunit protein uL5
D8: 5S rRNA
E9: Large ribosomal subunit protein uL4
aA: Large ribosomal subunit protein bL32
MB: Large ribosomal subunit protein bL17
UC: Large ribosomal subunit protein bL25
WD: Large ribosomal subunit protein bL28
XE: Large ribosomal subunit protein uL29
RF: Large ribosomal subunit protein uL22
FG: Small ribosomal subunit protein bS6
VH: Large ribosomal subunit protein bL27
TI: Large ribosomal subunit protein uL24
fJ: Large ribosomal subunit protein bL31B
HK: Small ribosomal subunit protein uS14
OL: Small ribosomal subunit protein uS15
MM: Small ribosomal subunit protein uS13
PO: Large ribosomal subunit protein bL20
SP: Small ribosomal subunit protein uS19
BQ: Small ribosomal subunit protein uS8
GR: Large ribosomal subunit protein uL6
GS: Small ribosomal subunit protein uS7
CT: Small ribosomal subunit protein uS3
KU: Small ribosomal subunit protein uS11
NV: Small ribosomal subunit protein bS21
YW: Large ribosomal subunit protein uL30
IX: Large ribosomal subunit protein uL13
JY: Small ribosomal subunit protein uS10
QZ: Small ribosomal subunit protein uS17
Ba: Large ribosomal subunit protein bL34
Qb: Large ribosomal subunit protein bL21
Nc: Large ribosomal subunit protein uL18
Kd: Large ribosomal subunit protein uL15
Je: Large ribosomal subunit protein uL14
Af: Large ribosomal subunit protein uL3
Lg: Large ribosomal subunit protein uL16
dh: Large ribosomal subunit protein bL35
Oi: Large ribosomal subunit protein bL19
Pj: Small ribosomal subunit protein bS16
bk: Large ribosomal subunit protein bL33
Cl: Large ribosomal subunit protein uL2
Dm: Small ribosomal subunit protein uS4
Sn: Large ribosomal subunit protein uL23
To: Small ribosomal subunit protein bS20
ep: Large ribosomal subunit protein bL36
V: Heterogenous tRNA
Y: Heterogenous mRNA
C1: Large ribosomal subunit protein bL9
iN: 16S rRNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,280,38656
ポリマ－2,280,38656
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area257760 Å2
ΔGint-2122 kcal/mol
Surface area741140 Å2
手法PISA

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 BH

#1: タンパク質 Methyl-accepting chemotaxis protein


分子量: 41159.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M3V8U3
#3: タンパク質 Elongation factor Tu / EF-Tu


分子量: 43108.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4U5B4

-
Small ribosomal subunit protein ... , 20種, 20分子 FR3A4E5L6FGHKOLMMSPBQGSCTKUNVJYQZPjDmTo

#2: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS9


分子量: 14278.470 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4T6M9
#5: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS18


分子量: 8973.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M5MK69
#6: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS2


分子量: 29465.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4TFJ4
#7: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS5


分子量: 18192.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M3V8J0
#8: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS12


分子量: 13753.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4U4C3
#18: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS6


分子量: 15839.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4U628
#22: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS14


分子量: 11777.817 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M3V8P8
#23: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS15


分子量: 10218.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4TF29
#24: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS13


分子量: 13244.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M5MJL8
#26: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS19


分子量: 10336.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4TUJ8
#27: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS8


分子量: 14086.257 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4U618
#29: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS7


分子量: 17760.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M3V8N5
#30: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS3


分子量: 27120.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4T6V9
#31: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS11


分子量: 13676.589 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M3V8P6
#32: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS21


分子量: 8548.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4SY21
#35: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS10


分子量: 11635.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4TE68
#36: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS17


分子量: 10362.991 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4U401
#46: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS16


分子量: 9955.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4T275
#49: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS4


分子量: 24279.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4TE52
#51: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS20


分子量: 9980.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4T3R2

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 Z2D8iN

#4: RNA鎖 23S rRNA


分子量: 933562.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
#10: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 36948.945 Da / 分子数: 1
Mutation: Contains an inserted nucleotide U at position 85 and a point mutation C88A compared to the genome-based predicted sequences.
由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: GenBank: 930356181
#56: RNA鎖 16S rRNA


分子量: 514949.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: GenBank: 930356181

+
Large ribosomal subunit protein ... , 29種, 29分子 F7E9aAMBUCWDXERFVHTIfJPOGRYWIXBaQbNcKdJeAfLgdhOibkClSnepC1

#9: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL5


分子量: 19841.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4T1L5
#11: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL4


分子量: 21971.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4U627
#12: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL32


分子量: 7169.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4SWQ6
#13: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL17


分子量: 13635.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4U611
#14: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL25 / General stress protein CTC


分子量: 23887.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4U726
#15: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL28


分子量: 9168.790 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4T6Y7
#16: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL29


分子量: 7519.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4TBX9
#17: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL22


分子量: 11932.995 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4SWS6
#19: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL27


分子量: 9119.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4TUE5
#20: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL24


分子量: 11465.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4TE60
#21: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL31B


分子量: 10708.704 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4SX87
#25: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL20


分子量: 13539.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M5MJR6
#28: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL6


分子量: 19536.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M5MKV2
#33: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL30


分子量: 6615.821 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4SWR7
#34: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL13


分子量: 15802.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4TBP4
#37: タンパク質・ペプチド Large ribosomal subunit protein bL34


分子量: 5292.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4TEZ6
#38: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL21


分子量: 11773.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M5TIS3
#39: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL18


分子量: 12550.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4TUJ2
#40: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL15


分子量: 15448.876 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4T6V1
#41: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL14


分子量: 13417.765 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M5MJS2
#42: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL3


分子量: 22236.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4T1M3
#43: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL16


分子量: 15626.741 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M3V8J3
#44: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL35


分子量: 7594.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4U4I0
#45: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL19


分子量: 14598.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4TV08
#47: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL33


分子量: 6053.298 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4SWV1
#48: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL2


分子量: 30263.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M3V8Q0
#50: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL23


分子量: 12816.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M5MJH9
#52: タンパク質・ペプチド Large ribosomal subunit protein bL36


分子量: 4330.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4U3Z5
#55: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL9


分子量: 18195.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M3V9E8

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Heterogenous ... , 2種, 2分子 VY

#53: RNA鎖 Heterogenous tRNA


分子量: 23267.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
#54: RNA鎖 Heterogenous mRNA


分子量: 1792.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Psychrobacter urativorans (バクテリア)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Ribosomes isolated from ice-treated cultures of Psychrobacter urativorans.
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#55 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 0.75 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 900 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 30469 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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