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万見
- PDB-8rbo: Cryo-EM structure of Pyrococcus furiosus apo form RNA polymerase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rbo
タイトルCryo-EM structure of Pyrococcus furiosus apo form RNA polymerase contracted clamp conformation
要素(DNA-directed RNA polymerase subunit ...) x 11
キーワードTRANSCRIPTION / RNA / Polymerase / Elongation / Complex / Pyrococcus furiosus / Archaea / DNA
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription elongation by RNA polymerase I / tRNA transcription by RNA polymerase III / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / DNA-directed RNA polymerase activity / : / : / : / : / : ...transcription elongation by RNA polymerase I / tRNA transcription by RNA polymerase III / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / DNA-directed RNA polymerase activity / : / : / : / : / : / : / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / nucleotide binding / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo2 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 / HRDC domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit E/RPC8 / S1 domain profile. / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 ...DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo2 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 / HRDC domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit E/RPC8 / S1 domain profile. / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / : / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo10 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo6 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5 / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.02 Å
データ登録者Tarau, D.M. / Reichelt, R. / Heiss, F.B. / Pilsl, M. / Hausner, W. / Engel, C. / Grohmann, D.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SFB960 ドイツ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2024
タイトル: Structural basis of archaeal RNA polymerase transcription elongation and Spt4/5 recruitment.
著者: Daniela Tarău / Felix Grünberger / Michael Pilsl / Robert Reichelt / Florian Heiß / Sabine König / Henning Urlaub / Winfried Hausner / Christoph Engel / Dina Grohmann /
要旨: Archaeal transcription is carried out by a multi-subunit RNA polymerase (RNAP) that is highly homologous in structure and function to eukaryotic RNAP II. Among the set of basal transcription factors, ...Archaeal transcription is carried out by a multi-subunit RNA polymerase (RNAP) that is highly homologous in structure and function to eukaryotic RNAP II. Among the set of basal transcription factors, only Spt5 is found in all domains of life, but Spt5 has been shaped during evolution, which is also reflected in the heterodimerization of Spt5 with Spt4 in Archaea and Eukaryotes. To unravel the mechanistic basis of Spt4/5 function in Archaea, we performed structure-function analyses using the archaeal transcriptional machinery of Pyrococcus furiosus (Pfu). We report single-particle cryo-electron microscopy reconstructions of apo RNAP and the archaeal elongation complex (EC) in the absence and presence of Spt4/5. Surprisingly, Pfu Spt4/5 also binds the RNAP in the absence of nucleic acids in a distinct super-contracted conformation. We show that the RNAP clamp/stalk module exhibits conformational flexibility in the apo state of RNAP and that the enzyme contracts upon EC formation or Spt4/5 engagement. We furthermore identified a contact of the Spt5-NGN domain with the DNA duplex that stabilizes the upstream boundary of the transcription bubble and impacts Spt4/5 activity in vitro. This study, therefore, provides the structural basis for Spt4/5 function in archaeal transcription and reveals a potential role beyond the well-described support of elongation.
履歴
登録2023年12月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年4月24日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02024年4月24日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年6月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32025年7月9日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details
Item: _em_admin.last_update / _em_software.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年7月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N
B: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
C: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C
D: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3
E: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7
F: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4
H: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5
K: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo6
L: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11
N: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo10
P: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)383,36417
ポリマ－383,01311
非ポリマー3516
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 11種, 11分子 ABCDEFHKLNP

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N / DNA-directed RNA polymerase subunit A'


分子量: 103612.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌)
遺伝子: rpoA1, rpo1N, PFDSM3638_07875 / 発現宿主: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌) / 参照: UniProt: A0A5C0XPL7, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta


分子量: 127188.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌)
遺伝子: PF1564 / 発現宿主: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U0M3
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C / DNA-directed RNA polymerase subunit A''


分子量: 44468.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌)
遺伝子: rpo1C, rpoA2, PF1562 / 発現宿主: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U0M5, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3 / DNA-directed RNA polymerase subunit D


分子量: 31688.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌)
遺伝子: rpo3, rpoD, PF1647 / 発現宿主: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U0E4, DNA-directed RNA polymerase
#5: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7


分子量: 21731.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌)
遺伝子: rpo7 / 発現宿主: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U439
#6: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4 / DNA-directed RNA polymerase subunit F


分子量: 14116.311 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌)
遺伝子: rpo4, rpoF, PF1036 / 発現宿主: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U216, DNA-directed RNA polymerase
#7: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5 / DNA-directed RNA polymerase subunit H


分子量: 9260.792 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌)
遺伝子: rpo5, rpoH, PF1565 / 発現宿主: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U0M2, DNA-directed RNA polymerase
#8: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo6 / DNA-directed RNA polymerase subunit K


分子量: 6243.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌)
遺伝子: rpo6, rpoK, PF1642 / 発現宿主: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U0E8, DNA-directed RNA polymerase
#9: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / DNA-directed RNA polymerase subunit L


分子量: 11132.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌)
遺伝子: rpo11, rpoL, PF0050 / 発現宿主: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U4N1, DNA-directed RNA polymerase
#10: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo10 / DNA-directed RNA polymerase subunit N


分子量: 7800.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌)
遺伝子: rpo10, rpoN, PF1643 / 発現宿主: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌) / 参照: UniProt: P60292, DNA-directed RNA polymerase
#11: タンパク質・ペプチド DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12 / DNA-directed RNA polymerase subunit P


分子量: 5770.050 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌)
遺伝子: rpo12, rpoP, PF2009 / 発現宿主: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌) / 参照: UniProt: Q8TZI3, DNA-directed RNA polymerase

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非ポリマー , 2種, 6分子

#12: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#13: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Pyrococcus furiosus apo form of RNA polymerase contracted clamp conformation
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#11 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌)
由来(組換発現)生物種: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 200
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影電子線照射量: 1 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.02 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 111194 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00326851
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.63136254
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.543648
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0444019
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0054706

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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