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万見
- PDB-8r6y: Structure of the SFTSV L protein stalled in a transcription-speci... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8r6y
タイトルStructure of the SFTSV L protein stalled in a transcription-specific early elongation state with bound capped RNA [TRANSCRIPTION-EARLY-ELONGATION]
要素
  • RNA (5'-R(*(M7G)*AP*AP*A)-3')
  • RNA (5'-R(*AP*CP*AP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*CP*AP*G)-3')
  • RNA (5'-R(P*AP*CP*A)-3')
  • RNA (5'-R(P*CP*UP*GP*GP*GP*CP*GP*GP*UP*AP*AP*AP*UP*GP*U)-3')
  • RNA-directed RNA polymerase L
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / SFTSV (重症熱性血小板減少症候群ウイルス) / RNA-DEPENDENT RNA POLYMERASE (RNA依存性RNAポリメラーゼ) / VIRAL RNA (RNAウイルス)
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / RNA依存性RNAポリメラーゼ / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RNA-directed RNA polymerase L, PA-C-like domain / RNA-directed RNA polymerase L, PA-C-like domain / RNA-directed RNA polymerase L, N-terminal / L protein N-terminus / RNA-dependent RNA polymerase, bunyaviral / Bunyavirus RNA dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2KH / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種SFTS virus AH12 (重症熱性血小板減少症候群ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Williams, H.M. / Thorkelsson, S.R. / Vogel, D. / Busch, C. / Milewski, M. / Cusack, S. / Grunewald, K. / Quemin, E.R.J. / Rosenthal, M.
資金援助 ドイツ, 3件
組織認可番号国
Leibniz AssociationK72/2017 ドイツ
German Research Foundation (DFG)NST 152/772-1, 774-1, 775-1 and 776-1 ドイツ
German Federal Ministry for Education and Research01KI2019 ドイツ
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2024
タイトル: Structural snapshots of phenuivirus cap-snatching and transcription.
著者: Harry M Williams / Sigurdur R Thorkelsson / Dominik Vogel / Carola Busch / Morlin Milewski / Stephen Cusack / Kay Grünewald / Emmanuelle R J Quemin / Maria Rosenthal /
要旨: Severe fever with thrombocytopenia syndrome virus (SFTSV) is a human pathogen that is now endemic to several East Asian countries. The viral large (L) protein catalyzes viral transcription by ...Severe fever with thrombocytopenia syndrome virus (SFTSV) is a human pathogen that is now endemic to several East Asian countries. The viral large (L) protein catalyzes viral transcription by stealing host mRNA caps via a process known as cap-snatching. Here, we establish an in vitro cap-snatching assay and present three high-quality electron cryo-microscopy (cryo-EM) structures of the SFTSV L protein in biologically relevant, transcription-specific states. In a priming-state structure, we show capped RNA bound to the L protein cap-binding domain (CBD). The L protein conformation in this priming structure is significantly different from published replication-state structures, in particular the N- and C-terminal domains. The capped-RNA is positioned in a way that it can feed directly into the RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) ready for elongation. We also captured the L protein in an early-elongation state following primer-incorporation demonstrating that this priming conformation is retained at least in the very early stages of primer extension. This structural data is complemented by in vitro biochemical and cell-based assays. Together, these insights further our mechanistic understanding of how SFTSV and other bunyaviruses incorporate stolen host mRNA fragments into their viral transcripts thereby allowing the virus to hijack host cell translation machinery.
#1: ジャーナル: BiorXiv / 年: 2023
タイトル: Structural snapshots of phenuivirus cap-snatching and transcription
著者: Williams, H.M. / Thorkelsson, S.R. / Vogel, D. / Busch, C. / Milewski, M. / Cusack, S. / Grunewald, K. / Quemin, E.R.J. / Rosenthal, M.
履歴
登録2023年11月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22024年5月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-directed RNA polymerase L
P: RNA (5'-R(*AP*CP*AP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*CP*AP*G)-3')
T: RNA (5'-R(P*CP*UP*GP*GP*GP*CP*GP*GP*UP*AP*AP*AP*UP*GP*U)-3')
G: RNA (5'-R(P*AP*CP*A)-3')
C: RNA (5'-R(*(M7G)*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)255,9217
ポリマ－255,4145
非ポリマー5072
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase L


分子量: 235698.500 Da / 分子数: 1 / 変異: D112A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SFTS virus AH12 (重症熱性血小板減少症候群ウイルス)
発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: U3GU88

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RNA鎖 , 4種, 4分子 PTGC

#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*AP*CP*AP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*CP*AP*G)-3')


分子量: 6451.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthesised by Biomers.
由来: (合成) SFTS virus AH12 (重症熱性血小板減少症候群ウイルス)
#3: RNA鎖 RNA (5'-R(P*CP*UP*GP*GP*GP*CP*GP*GP*UP*AP*AP*AP*UP*GP*U)-3')


分子量: 6480.872 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthesised by Biomers.
由来: (合成) SFTS virus AH12 (重症熱性血小板減少症候群ウイルス)
#4: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*CP*A)-3')


分子量: 918.636 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Produced by the viral polymerase - not synthesised.
由来: (合成) SFTS virus AH12 (重症熱性血小板減少症候群ウイルス)
#5: RNA鎖 RNA (5'-R(*(M7G)*AP*AP*A)-3')


分子量: 5863.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthesised by ChemGenes.
由来: (合成) SFTS virus AH12 (重症熱性血小板減少症候群ウイルス)

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非ポリマー , 2種, 2分子

#6: 化合物 ChemComp-2KH / 5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]uridine


分子量: 483.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: SFTSV L protein in complex with 5' and 3' RNA, as well as RNA acting as a primer.
タイプ: COMPLEX
詳細: SFTSV L protein expressed recombinantly in complex with several RNA species.
Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.24 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: SFTS virus AH12 (重症熱性血小板減少症候群ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 7
試料濃度: 0.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse.
試料支持Film material: CARBON / グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 27095

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1RELION粒子像選択
2EPU画像取得
4RELIONCTF補正
7Cootモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10RELION初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
12RELION分類
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2998852
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 264083 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / Target criteria: Cross-correlation coefficient
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00317094
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.82923261
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.7132656
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0532605
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0052822

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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