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- PDB-8r4c: LRR domain of Roco protein from C. tepidum bound to the activatin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8r4c
タイトルLRR domain of Roco protein from C. tepidum bound to the activating Nanobody NbRoco2
要素
  • NbRoco2
  • Rab family protein
キーワードHYDROLASE / GTPase / Nanobody / Parkinson's Disease / Allostery activator
機能・相同性
機能・相同性情報


GTP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
C-terminal of Roc (COR) domain / C-terminal of Roc, COR, domain / Ras of Complex, Roc, domain of DAPkinase / Leucine rich repeat 4 / Leucine Rich repeats (2 copies) / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / Roc domain profile. / Roc domain / Leucine Rich repeat / Leucine-rich repeats, bacterial type ...C-terminal of Roc (COR) domain / C-terminal of Roc, COR, domain / Ras of Complex, Roc, domain of DAPkinase / Leucine rich repeat 4 / Leucine Rich repeats (2 copies) / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / Roc domain profile. / Roc domain / Leucine Rich repeat / Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Rab subfamily of small GTPases / Leucine-rich repeat domain superfamily / Small GTP-binding protein domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Rab family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Lama glama (ラマ)
Chlorobaculum tepidum (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.55 Å
データ登録者Galicia, C. / Versees, W.
資金援助 ベルギー, 3件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders (FWO)G005219N ベルギー
Research Foundation - Flanders (FWO)G003322N ベルギー
Vrije Universiteit BrusselSRP50 ベルギー
引用
ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the GTP-driven monomerization and activation of a bacterial LRRK2 homolog using allosteric nanobodies.
著者: Christian Galicia / Giambattista Guaitoli / Marcus Fislage / Christian Johannes Gloeckner / Wim Versées /
要旨: Roco proteins entered the limelight after mutations in human LRRK2 were identified as a major cause of familial Parkinson's disease. LRRK2 is a large and complex protein combining a GTPase and ...Roco proteins entered the limelight after mutations in human LRRK2 were identified as a major cause of familial Parkinson's disease. LRRK2 is a large and complex protein combining a GTPase and protein kinase activity, and disease mutations increase the kinase activity, while presumably decreasing the GTPase activity. Although a cross-communication between both catalytic activities has been suggested, the underlying mechanisms and the regulatory role of the GTPase domain remain unknown. Several structures of LRRK2 have been reported, but structures of Roco proteins in their activated GTP-bound state are lacking. Here, we use single-particle cryo-electron microscopy to solve the structure of a bacterial Roco protein (CtRoco) in its GTP-bound state, aided by two conformation-specific nanobodies: Nb and Nb. This structure presents CtRoco in an active monomeric state, featuring a very large GTP-induced conformational change using the LRR-Roc linker as a hinge. Furthermore, this structure shows how Nb and Nb collaborate to activate CtRoco in an allosteric way. Altogether, our data provide important new insights into the activation mechanism of Roco proteins, with relevance to LRRK2 regulation, and suggest new routes for the allosteric modulation of their GTPase activity.
#1: ジャーナル: Elife / 年: 2023
タイトル: Structural insights in the GTP-driven monomerization and activation of a bacterial LRRK2 homologue using allosteric nanobodies
著者: Galicia, C. / Guaitoli, G. / Fislage, M. / Gloeckner, C.J. / Versees, W.
履歴
登録2023年11月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: NbRoco2
A: Rab family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,4942
ポリマ－138,4942
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: 抗体 NbRoco2


分子量: 14180.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 Rab family protein


分子量: 124313.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: LRR domain of CtRoco
由来: (組換発現) Chlorobaculum tepidum (バクテリア)
遺伝子: CT1526 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8KC98

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: CtRoco in the active GTP state bound to the two activating Nanobodies NbRoco1 and NbRoco2
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 0.15 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Chlorobaculum tepidum (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 0.08 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 %

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 60000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.55 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
撮影電子線照射量: 63 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: cryoSPARC / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.55 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 160925 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1

IDPDB-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ詳細
16hlu

6hlu

6hlu1PDBexperimental model
2AlphaFoldin silico modelNbRoco2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0044097
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.7225602
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.182577
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.044703
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.006717

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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