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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8r2i | ||||||
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タイトル | Cryo-EM Structure of native Photosystem II assembly intermediate from Chlamydomonas reinhardtii | ||||||
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![]() | PHOTOSYNTHESIS / Photosystem II / biogenesis of PSII / assembly intermediate / CryoEM / assembly factor / Chlamydomonas reinhardtii | ||||||
機能・相同性 | ![]() photosystem II repair / chloroplast thylakoid lumen / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II ...photosystem II repair / chloroplast thylakoid lumen / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / chlorophyll binding / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
![]() | Fadeeva, M. / Klaiman, D. / Kandiah, E. / Nelson, N. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of native photosystem II assembly intermediate from . 著者: Mariia Fadeeva / Daniel Klaiman / Eaazhisai Kandiah / Nathan Nelson / ![]() ![]() 要旨: Photosystem II (PSII) is a dimer consisting of at least 13 nuclear-encoded and four chloroplast-encoded protein subunits that collectively function as a sunlight-driven oxidoreductase. In this ... Photosystem II (PSII) is a dimer consisting of at least 13 nuclear-encoded and four chloroplast-encoded protein subunits that collectively function as a sunlight-driven oxidoreductase. In this study, we present the inaugural structure of a green alga PSII assembly intermediate (pre-PSII-int). This intermediate was isolated from chloroplast membranes of the temperature-sensitive mutant TSP4, cultivated for 14 hours at a non-permissive temperature. The assembly state comprises a monomer containing subunits A, B, C, D, E, F, H, I, K, and two novel assembly factors, Psb1 and Psb2. Psb1 is identified as a novel transmembrane helix located adjacent to PsbE and PsbF (cytochrome b559). The absence of PsbJ, typically found in mature PSII close to this position, indicates that Psb1 functions as an assembly factor. Psb2 is an eukaryotic homolog of the cyanobacterial assembly factor Psb27. The presence of iron, coupled with the absence of Q, Q, and the manganese cluster, implies a protective mechanism against photodamage and provides insights into the intricate assembly process. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 467 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 341.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 18848MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Photosystem II ... , 8種, 8分子 ABCDHIK1
#1: タンパク質 | 分子量: 36287.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 器官: thylakoid membrane / 参照: UniProt: P07753, photosystem II |
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#2: タンパク質 | 分子量: 53739.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 器官: thylakoid membrane / 参照: UniProt: P37255 |
#3: タンパク質 | 分子量: 46468.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 器官: thylakoid membrane / 参照: UniProt: P10898 |
#4: タンパク質 | 分子量: 39241.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 器官: thylakoid membrane / 参照: UniProt: P06007, photosystem II |
#7: タンパク質 | 分子量: 7063.317 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 器官: thylakoid membrane / 参照: UniProt: P22666 |
#8: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3276.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 器官: thylakoid membrane / 参照: UniProt: P59763 |
#9: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4147.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 器官: thylakoid membrane / 参照: UniProt: P18263 |
#11: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3219.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 器官: thylakoid membrane / 参照: UniProt: P50370 |
-Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 2分子 EF
#5: タンパク質 | 分子量: 8727.849 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 器官: thylakoid membrane / 参照: UniProt: P48268 |
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#6: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3795.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 器官: thylakoid membrane / 参照: UniProt: Q08363 |
-タンパク質 , 1種, 1分子 2
#10: タンパク質 | 分子量: 11213.722 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 器官: thylakoid membrane / 参照: UniProt: A8I5A0 |
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-糖 , 3種, 6分子 ![](data/chem/img/BOG.gif)
![](data/chem/img/LMT.gif)
![](data/chem/img/DGD.gif)
![](data/chem/img/LMT.gif)
![](data/chem/img/DGD.gif)
#16: 糖 | #18: 糖 | #20: 糖 | ChemComp-DGD / | |
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-非ポリマー , 10種, 57分子 ![](data/chem/img/FE2.gif)
![](data/chem/img/CLA.gif)
![](data/chem/img/PHO.gif)
![](data/chem/img/BCR.gif)
![](data/chem/img/LMG.gif)
![](data/chem/img/LHG.gif)
![](data/chem/img/BCT.gif)
![](data/chem/img/PL9.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CLA.gif)
![](data/chem/img/PHO.gif)
![](data/chem/img/BCR.gif)
![](data/chem/img/LMG.gif)
![](data/chem/img/LHG.gif)
![](data/chem/img/BCT.gif)
![](data/chem/img/PL9.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#12: 化合物 | ChemComp-FE2 / | ||||||||||||||||
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#13: 化合物 | ChemComp-CLA / #14: 化合物 | #15: 化合物 | ChemComp-BCR / #17: 化合物 | #19: 化合物 | ChemComp-LHG / | #21: 化合物 | ChemComp-BCT / | #22: 化合物 | ChemComp-PL9 / | #23: 化合物 | ChemComp-HEM / | #24: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Photosystem II assembly intermediate from Chlamydomonas reinhardtii タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#9, #11, #10 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 単位: KILODALTONS/NANOMETER / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 細胞内の位置: thylakoid membrane |
緩衝液 | pH: 6 |
試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 293 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 1.8 sec. / 電子線照射量: 1.07 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 25758 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 6408350 | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 327737 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.69 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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