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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8r2d | |||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Integrator cleavage module assembly intermediate | |||||||||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION / chaperone / Integrator complex / nuclear import | |||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 snRNA 3'-end processing / snRNA processing / mitochondrion localization / integrator complex / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / response to ionizing radiation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA endonuclease activity / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway ...snRNA 3'-end processing / snRNA processing / mitochondrion localization / integrator complex / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / response to ionizing radiation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA endonuclease activity / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / glucose metabolic process / cell migration / positive regulation of cell growth / blood microparticle / cell population proliferation / positive regulation of protein phosphorylation / DNA damage response / nucleolus / apoptotic process / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Sabath, K. / Qiu, C. / Jonas, S. | |||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | スイス, European Union, ドイツ, 8件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2024 タイトル: Assembly mechanism of Integrator's RNA cleavage module. 著者: Kevin Sabath / Chunhong Qiu / Stefanie Jonas / 要旨: The modular Integrator complex is a transcription regulator that is essential for embryonic development. It attenuates coding gene expression via premature transcription termination and performs 3'- ...The modular Integrator complex is a transcription regulator that is essential for embryonic development. It attenuates coding gene expression via premature transcription termination and performs 3'-processing of non-coding RNAs. For both activities, Integrator requires endonuclease activity that is harbored by an RNA cleavage module consisting of INTS4-9-11. How correct assembly of Integrator modules is achieved remains unknown. Here, we show that BRAT1 and WDR73 are critical biogenesis factors for the human cleavage module. They maintain INTS9-11 inactive during maturation by physically blocking the endonuclease active site and prevent premature INTS4 association. Furthermore, BRAT1 facilitates import of INTS9-11 into the nucleus, where it is joined by INTS4. Final BRAT1 release requires locking of the mature cleavage module conformation by inositol hexaphosphate (IP). Our data explain several neurodevelopmental disorders caused by BRAT1, WDR73, and INTS11 mutations as Integrator assembly defects and reveal that IP is an essential co-factor for cleavage module maturation. | |||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8r2d.cif.gz | 426.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8r2d.ent.gz | 332.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8r2d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8r2d_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8r2d_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8r2d_validation.xml.gz | 74.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8r2d_validation.cif.gz | 112.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/8r2d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/8r2d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 18839MC 8r22C 8r23C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 88766.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRAT1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q6PJG6 | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 73891.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS9, RC74 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9NV88 | ||
#3: タンパク質 | 分子量: 68997.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS11 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q5TA45 | ||
#4: タンパク質 | 分子量: 109271.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS4 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q96HW7 | ||
#5: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: INTS4-INTS9-INTS11-BRAT1 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1, #3-#4, #2 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1300 nm |
撮影 | 電子線照射量: 59.5 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 97185 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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