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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8r1j | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of avian H5N1 influenza A polymerase dimer in complex with human ANP32B. | |||||||||||||||||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN / Influenza virus / replication platform / H5N1 / influenza adaptive mutations / host adaptation / viral polymerase / cryo-EM / HPAI. | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() ventricular system development / vasculature development / RNA polymerase binding / roof of mouth development / cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / inner ear development / negative regulation of cell differentiation / positive regulation of protein export from nucleus ...ventricular system development / vasculature development / RNA polymerase binding / roof of mouth development / cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / inner ear development / negative regulation of cell differentiation / positive regulation of protein export from nucleus / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / nucleosome assembly / histone binding / regulation of apoptotic process / endonuclease activity / host cell cytoplasm / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / host cell nucleus / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||||||||||||||
![]() | Carrique, L. / Staller, E. / Keown, J.R. / Fan, H. / Fodor, E. / Grimes, J.M. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structures of H5N1 influenza polymerase with ANP32B reveal mechanisms of genome replication and host adaptation. 著者: Ecco Staller / Loïc Carrique / Olivia C Swann / Haitian Fan / Jeremy R Keown / Carol M Sheppard / Wendy S Barclay / Jonathan M Grimes / Ervin Fodor / ![]() ![]() 要旨: Avian influenza A viruses (IAVs) pose a public health threat, as they are capable of triggering pandemics by crossing species barriers. Replication of avian IAVs in mammalian cells is hindered by ...Avian influenza A viruses (IAVs) pose a public health threat, as they are capable of triggering pandemics by crossing species barriers. Replication of avian IAVs in mammalian cells is hindered by species-specific variation in acidic nuclear phosphoprotein 32 (ANP32) proteins, which are essential for viral RNA genome replication. Adaptive mutations enable the IAV RNA polymerase (FluPolA) to surmount this barrier. Here, we present cryo-electron microscopy structures of monomeric and dimeric avian H5N1 FluPolA with human ANP32B. ANP32B interacts with the PA subunit of FluPolA in the monomeric form, at the site used for its docking onto the C-terminal domain of host RNA polymerase II during viral transcription. ANP32B acts as a chaperone, guiding FluPolA towards a ribonucleoprotein-associated FluPolA to form an asymmetric dimer-the replication platform for the viral genome. These findings offer insights into the molecular mechanisms governing IAV genome replication, while enhancing our understanding of the molecular processes underpinning mammalian adaptations in avian-origin FluPolA. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 18818MC ![]() 8r1lC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 82600.281 Da / 分子数: 2 / 変異: Q556R / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: A/turkey/Turkey/1/2005(H5N1) / 遺伝子: PA 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A5Z236 #2: タンパク質 | 分子量: 86616.312 Da / 分子数: 2 / 変異: K577E / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: A/turkey/Turkey/1/2005(H5N1) / 遺伝子: PB1 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A5Z231, RNA-directed RNA polymerase #3: タンパク質 | 分子量: 101380.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: A/turkey/Turkey/1/2005(H5N1) / 遺伝子: PB2 発現宿主: ![]() ![]() #4: タンパク質 | | 分子量: 28816.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q92688 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Structure of avian H5N1 influenza A polymerase dimer in complex with human ANP32B. タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES | ||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.55 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: A/turkey/Turkey/1/2005(H5N1) | ||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | ||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 24000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 5000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 105000 / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 3D fitting-ID: 1
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