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- PDB-8qu9: Structure of the NCOA4 (Nuclear Receptor Coactivator 4)-FTH1 (H-F... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qu9
タイトルStructure of the NCOA4 (Nuclear Receptor Coactivator 4)-FTH1 (H-Ferritin) complex
要素
  • Ferritin heavy chain
  • NCOA4 (Nuclear Receptor Coactivator 4)
キーワードMETAL TRANSPORT / Ferritinophagy / Iron homeostasis / NCOA4 / Ferritin heavy chain
機能・相同性
機能・相同性情報


iron ion sequestering activity / ferritin complex / Scavenging by Class A Receptors / negative regulation of ferroptosis / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / autolysosome / ferroxidase activity / intracellular sequestering of iron ion / negative regulation of fibroblast proliferation ...iron ion sequestering activity / ferritin complex / Scavenging by Class A Receptors / negative regulation of ferroptosis / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / autolysosome / ferroxidase activity / intracellular sequestering of iron ion / negative regulation of fibroblast proliferation / autophagosome / ferric iron binding / Iron uptake and transport / ferrous iron binding / tertiary granule lumen / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / ficolin-1-rich granule lumen / immune response / iron ion binding / negative regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ferritin heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Hoelzgen, F. / Klukin, E. / Zalk, R. / Shahar, A. / Cohen-Schwartz, S. / Frank, G.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
United States - Israel Binational Science Foundation (BSF)#2022614 米国
National Science Foundation (NSF, United States)2231900 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural basis for the intracellular regulation of ferritin degradation.
著者: Fabian Hoelzgen / Thuy T P Nguyen / Elina Klukin / Mohamed Boumaiza / Ayush K Srivastava / Elizabeth Y Kim / Ran Zalk / Anat Shahar / Sagit Cohen-Schwartz / Esther G Meyron-Holtz / Fadi Bou- ...著者: Fabian Hoelzgen / Thuy T P Nguyen / Elina Klukin / Mohamed Boumaiza / Ayush K Srivastava / Elizabeth Y Kim / Ran Zalk / Anat Shahar / Sagit Cohen-Schwartz / Esther G Meyron-Holtz / Fadi Bou-Abdallah / Joseph D Mancias / Gabriel A Frank /
要旨: The interaction between nuclear receptor coactivator 4 (NCOA4) and the iron storage protein ferritin is a crucial component of cellular iron homeostasis. The binding of NCOA4 to the FTH1 subunits of ...The interaction between nuclear receptor coactivator 4 (NCOA4) and the iron storage protein ferritin is a crucial component of cellular iron homeostasis. The binding of NCOA4 to the FTH1 subunits of ferritin initiates ferritinophagy-a ferritin-specific autophagic pathway leading to the release of the iron stored inside ferritin. The dysregulation of NCOA4 is associated with several diseases, including neurodegenerative disorders and cancer, highlighting the NCOA4-ferritin interface as a prime target for drug development. Here, we present the cryo-EM structure of the NCOA4-FTH1 interface, resolving 16 amino acids of NCOA4 that are crucial for the interaction. The characterization of mutants, designed to modulate the NCOA4-FTH1 interaction, is used to validate the significance of the different features of the binding site. Our results explain the role of the large solvent-exposed hydrophobic patch found on the surface of FTH1 and pave the way for the rational development of ferritinophagy modulators.
履歴
登録2023年10月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferritin heavy chain
B: NCOA4 (Nuclear Receptor Coactivator 4)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7534
ポリマ－22,6412
非ポリマー1122
水181
1
A: Ferritin heavy chain
B: NCOA4 (Nuclear Receptor Coactivator 4)
ヘテロ分子
x 24
A: Ferritin heavy chain
B: NCOA4 (Nuclear Receptor Coactivator 4)
ヘテロ分子

A: Ferritin heavy chain
B: NCOA4 (Nuclear Receptor Coactivator 4)
ヘテロ分子

A: Ferritin heavy chain
B: NCOA4 (Nuclear Receptor Coactivator 4)
ヘテロ分子

A: Ferritin heavy chain
B: NCOA4 (Nuclear Receptor Coactivator 4)
ヘテロ分子

A: Ferritin heavy chain
B: NCOA4 (Nuclear Receptor Coactivator 4)
ヘテロ分子

A: Ferritin heavy chain
B: NCOA4 (Nuclear Receptor Coactivator 4)
ヘテロ分子

A: Ferritin heavy chain
B: NCOA4 (Nuclear Receptor Coactivator 4)
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A: Ferritin heavy chain
B: NCOA4 (Nuclear Receptor Coactivator 4)
ヘテロ分子

A: Ferritin heavy chain
B: NCOA4 (Nuclear Receptor Coactivator 4)
ヘテロ分子

A: Ferritin heavy chain
B: NCOA4 (Nuclear Receptor Coactivator 4)
ヘテロ分子

A: Ferritin heavy chain
B: NCOA4 (Nuclear Receptor Coactivator 4)
ヘテロ分子

A: Ferritin heavy chain
B: NCOA4 (Nuclear Receptor Coactivator 4)
ヘテロ分子

A: Ferritin heavy chain
B: NCOA4 (Nuclear Receptor Coactivator 4)
ヘテロ分子

A: Ferritin heavy chain
B: NCOA4 (Nuclear Receptor Coactivator 4)
ヘテロ分子

A: Ferritin heavy chain
B: NCOA4 (Nuclear Receptor Coactivator 4)
ヘテロ分子

A: Ferritin heavy chain
B: NCOA4 (Nuclear Receptor Coactivator 4)
ヘテロ分子

A: Ferritin heavy chain
B: NCOA4 (Nuclear Receptor Coactivator 4)
ヘテロ分子

A: Ferritin heavy chain
B: NCOA4 (Nuclear Receptor Coactivator 4)
ヘテロ分子

A: Ferritin heavy chain
B: NCOA4 (Nuclear Receptor Coactivator 4)
ヘテロ分子

A: Ferritin heavy chain
B: NCOA4 (Nuclear Receptor Coactivator 4)
ヘテロ分子

A: Ferritin heavy chain
B: NCOA4 (Nuclear Receptor Coactivator 4)
ヘテロ分子

A: Ferritin heavy chain
B: NCOA4 (Nuclear Receptor Coactivator 4)
ヘテロ分子

A: Ferritin heavy chain
B: NCOA4 (Nuclear Receptor Coactivator 4)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,069,387188
ポリマ－1,064,13794
非ポリマー5,24994
水84747
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation46

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要素

#1: タンパク質 Ferritin heavy chain


分子量: 20764.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FTH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02794
#2: タンパク質・ペプチド NCOA4 (Nuclear Receptor Coactivator 4)


分子量: 1877.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: FTH1 NCOA4 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 30 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.88 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 49794 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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