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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qqq | ||||||
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タイトル | Mycobacterium smegmatis inosine monophosphate dehydrogenase (IMPDH) ATP+GTP-bound form, compressed | ||||||
要素 | Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Octamer / ATP+GTP complex / Purine metabolism / IMPDH | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.43 Å | ||||||
データ登録者 | Bulvas, O. / Kouba, T. / Pichova, I. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Mycobacterium smegmatis inosine monophosphate dehydrogenase (IMPDH) apo form 著者: Bulvas, O. / Kouba, T. / Pichova, I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8qqq.cif.gz | 830.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8qqq.ent.gz | 553.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8qqq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8qqq_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8qqq_full_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8qqq_validation.xml.gz | 103.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8qqq_validation.cif.gz | 159.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/8qqq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/8qqq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 18601MC 8pw3C 8q65C 8qqpC 8qqrC 8qqtC 8qqvC 8qqwC 8qqxC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53388.988 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) 株: MC2 155 / 遺伝子: guaB, MSMEG_1602 / プラスミド: pRSFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): LOBSTR- -RIL / 参照: UniProt: A0QSU3, IMP dehydrogenase #2: 化合物 | ChemComp-ATP / #3: 化合物 | ChemComp-GTP / #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Octameric assembly of inosine monophosphate dehydrogenase in complex with ATP+GTP タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.426658 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: LOBSTR-BL21(DE3)-RIL / プラスミド: pRSFDuet-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 50 mM HEPES (pH 7.5), 200 mM KCl, 5 mM DTT,4 mM MgCl2 Ligand: 0.5 mM ATP + 2 mM GTP + 1 mM IMP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 165000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 400 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 44 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 実像数: 40440 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 26489203 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.43 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 732918 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 47.23 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: CC coefficient 詳細: Initial fitting was done in UCSF ChimeraX. Model refinement was done by iterative cycles of manual fitting with Coot and ISOLDE and automated fitting with phenix.real_space_refine. | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | Accession code: A0QSU3 / Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.44 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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