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- PDB-8qog: Cryo-EM structure of the yeast SPT-Orm2-Monomer complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qog
タイトルCryo-EM structure of the yeast SPT-Orm2-Monomer complex
要素
  • (Serine palmitoyltransferase ...) x 2
  • ORM2 isoform 1
  • Serine palmitoyltransferase-regulating protein TSC3
キーワードTRANSFERASE / Serine-Palmitoyl-Transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of sphingolipid biosynthetic process / 3-keto-sphinganine metabolic process / serine palmitoyltransferase complex / intracellular sphingolipid homeostasis / serine C-palmitoyltransferase activity / serine C-palmitoyltransferase / sphingosine biosynthetic process / sphingolipid biosynthetic process / ceramide biosynthetic process / enzyme activator activity ...positive regulation of sphingolipid biosynthetic process / 3-keto-sphinganine metabolic process / serine palmitoyltransferase complex / intracellular sphingolipid homeostasis / serine C-palmitoyltransferase activity / serine C-palmitoyltransferase / sphingosine biosynthetic process / sphingolipid biosynthetic process / ceramide biosynthetic process / enzyme activator activity / pyridoxal phosphate binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Aminotransferase, class-II, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-II pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Chem-Q7G / : / : / Serine palmitoyltransferase 1 / Serine palmitoyltransferase 2 / Serine palmitoyltransferase-regulating protein TSC3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Schaefer, J. / Koerner, C. / Moeller, A. / Froehlich, F.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SFB1557 ドイツ
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2024
タイトル: The structure of the Orm2-containing serine palmitoyltransferase complex reveals distinct inhibitory potentials of yeast Orm proteins.
著者: Carolin Körner / Jan-Hannes Schäfer / Bianca M Esch / Kristian Parey / Stefan Walter / David Teis / Dovile Januliene / Oliver Schmidt / Arne Moeller / Florian Fröhlich /
要旨: Sphingolipid levels are crucial determinants of neurodegenerative disorders and therefore require tight regulation. The Orm protein family and ceramides inhibit the rate-limiting step of sphingolipid ...Sphingolipid levels are crucial determinants of neurodegenerative disorders and therefore require tight regulation. The Orm protein family and ceramides inhibit the rate-limiting step of sphingolipid biosynthesis-the condensation of L-serine and palmitoyl-coenzyme A (CoA). The yeast isoforms Orm1 and Orm2 form a complex with the serine palmitoyltransferase (SPT). While Orm1 and Orm2 have highly similar sequences, they are differentially regulated, though the mechanistic details remain elusive. Here, we determine the cryoelectron microscopy structure of the SPT complex containing Orm2. Complementary in vitro activity assays and genetic experiments with targeted lipidomics demonstrate a lower activity of the SPT-Orm2 complex than the SPT-Orm1 complex. Our results suggest a higher inhibitory potential of Orm2, despite the similar structures of the Orm1- and Orm2-containing complexes. The high conservation of SPT from yeast to man implies different regulatory capacities for the three human ORMDL isoforms, which might be key for understanding their role in sphingolipid-mediated neurodegenerative disorders.
履歴
登録2023年9月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORM2 isoform 1
B: Serine palmitoyltransferase 1
C: Serine palmitoyltransferase 2
D: Serine palmitoyltransferase-regulating protein TSC3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,7197
ポリマ－162,5964
非ポリマー2,1233
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area21700 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area56030 Å2

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AD

#1: タンパク質 ORM2 isoform 1


分子量: 24830.602 Da / 分子数: 1 / 変異: S46A, S47A, S48A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: ORM2 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L0ZQC3
#4: タンパク質 Serine palmitoyltransferase-regulating protein TSC3 / Temperature-sensitive CSG2-mutant suppressor protein 3


分子量: 9590.233 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TSC3, YBR058C-A / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q3E790

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Serine palmitoyltransferase ... , 2種, 2分子 BC

#2: タンパク質 Serine palmitoyltransferase 1 / SPT 1 / SPT1 / Long chain base biosynthesis protein 1


分子量: 64985.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Insertion (N-FLAG-Tag): MAHIPEVLP(DYKDHDGDYKDHDIDYKDDDDK)KSIPIPAFI...
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: LCB1, END8, TSC2, YMR296C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P25045, serine C-palmitoyltransferase
#3: タンパク質 Serine palmitoyltransferase 2 / SPT 2 / Long chain base biosynthesis protein 2


分子量: 63189.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: LCB2, SCS1, TSC1, YDR062W, D4246, YD9609.16 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40970, serine C-palmitoyltransferase

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非ポリマー , 3種, 3分子

#5: 化合物 ChemComp-WAR / ~{N}-[(2~{S},3~{S},4~{R})-1,3,4-tris(oxidanyl)octadecan-2-yl]heptacosanamide


分子量: 710.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H91NO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-Q7G / 2-{[(4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranosyl)oxy]methyl}-4-{[(3beta,9beta,14beta,17beta,25R)-spirost-5-en-3-yl]oxy}butyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranoside


分子量: 1165.315 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C56H92O25 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: C2 symmetric complex of Lcb1, Lcb2, Orm2 and Tsc3 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.16 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
由来(組換発現)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 6.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 71624 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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