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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qku | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | SWR1-nucleosome complex in configuration 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN / Chromatin remodelling complex / nucleosome / protein-DNA complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() sexual sporulation resulting in formation of a cellular spore / cupric reductase (NADH) activity / TTT Hsp90 cochaperone complex / HATs acetylate histones / global genome nucleotide-excision repair / RNA polymerase I upstream activating factor complex / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / R2TP complex ...sexual sporulation resulting in formation of a cellular spore / cupric reductase (NADH) activity / TTT Hsp90 cochaperone complex / HATs acetylate histones / global genome nucleotide-excision repair / RNA polymerase I upstream activating factor complex / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / R2TP complex / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / HDACs deacetylate histones / protein targeting to vacuole / Swr1 complex / replication fork protection complex / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / Ino80 complex / Oxidative Stress Induced Senescence / RMTs methylate histone arginines / postreplication repair / SUMOylation of chromatin organization proteins / box C/D snoRNP assembly / recombinational repair / 3'-5' DNA helicase activity / NuA4 histone acetyltransferase complex / RNA Polymerase I Promoter Escape / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Estrogen-dependent gene expression / rRNA transcription / intracellular copper ion homeostasis / Ub-specific processing proteases / nucleosome binding / CENP-A containing nucleosome / DNA helicase activity / nuclear periphery / aerobic respiration / helicase activity / rRNA processing / structural constituent of chromatin / nucleosome / heterochromatin formation / nucleosome assembly / chromatin organization / 5'-3' DNA helicase activity / molecular adaptor activity / DNA helicase / histone binding / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / forked DNA-dependent helicase activity / four-way junction helicase activity / protein stabilization / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / DNA repair / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / structural molecule activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | Jalal, A.S.B. / Wigley, D.B. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Nucleosome flipping drives kinetic proofreading and processivity by SWR1. 著者: Paul Girvan / Adam S B Jalal / Elizabeth A McCormack / Michael T Skehan / Carol L Knight / Dale B Wigley / David S Rueda / ![]() 要旨: The yeast SWR1 complex catalyses the exchange of histone H2A-H2B dimers in nucleosomes, with Htz1-H2B dimers. Here we used single-molecule analysis to demonstrate two-step double exchange of the two ...The yeast SWR1 complex catalyses the exchange of histone H2A-H2B dimers in nucleosomes, with Htz1-H2B dimers. Here we used single-molecule analysis to demonstrate two-step double exchange of the two H2A-H2B dimers in a canonical yeast nucleosome with Htz1-H2B dimers, and showed that double exchange can be processive without release of the nucleosome from the SWR1 complex. Further analysis showed that bound nucleosomes flip between two states, with each presenting a different face, and hence histone dimer, to SWR1. The bound dwell time is longer when an H2A-H2B dimer is presented for exchange than when presented with an Htz1-H2B dimer. A hexasome intermediate in the reaction is bound to the SWR1 complex in a single orientation with the 'empty' site presented for dimer insertion. Cryo-electron microscopy analysis revealed different populations of complexes showing nucleosomes caught 'flipping' between different conformations without release, each placing a different dimer into position for exchange, with the Swc2 subunit having a key role in this process. Together, the data reveal a processive mechanism for double dimer exchange that explains how SWR1 can 'proofread' the dimer identities within nucleosomes. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 141.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 226.5 KB | 表示 | |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 18471MC ![]() 8qkvC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 6種, 10分子 ABCDEFGHMR
#1: タンパク質 | 分子量: 15405.032 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: HHT1, YBR010W, YBR0201, HHT2, SIN2, YNL031C, N2749 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 11395.390 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: MARTKQTARKSTGGKAPRKQLASKAARKSAPSTGGVKKPHRYKPGTVALREIRRFQKSTE LLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAIGALQESVEAYLVSLFEDTNLAAIHAKRVTI QKKDIKLARRLRGERS 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: HHF1 / 発現宿主: ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 17064.666 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: HTA2 / 発現宿主: ![]() ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 14280.362 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: HTB1 / 発現宿主: ![]() ![]() #7: タンパク質 | | 分子量: 174792.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: SWR1 / 発現宿主: ![]() #8: タンパク質 | | 分子量: 50100.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ARP6 / 発現宿主: ![]() |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ
#5: DNA鎖 | 分子量: 54375.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#6: DNA鎖 | 分子量: 54913.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-Vacuolar protein sorting-associated protein ... , 2種, 2分子 SZ
#9: タンパク質 | 分子量: 32073.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: VPS71 / 発現宿主: ![]() |
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#12: タンパク質 | 分子量: 21970.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: VPS72, SWC2, YDR485C / 発現宿主: ![]() |
-RuvB-like protein ... , 2種, 6分子 TVXUWY
#10: タンパク質 | 分子量: 50516.941 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: RVB1 / 発現宿主: ![]() #11: タンパク質 | 分子量: 51673.488 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: RVB2 / 発現宿主: ![]() |
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-非ポリマー , 4種, 20分子 






#13: 化合物 | ChemComp-ADP / #14: 化合物 | #15: 化合物 | ChemComp-MG / #16: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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Has protein modification | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: SWR1-nucleosome complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#12 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2100 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 700 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 123591 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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