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- PDB-8qju: Structure of the human 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate ph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qju
タイトルStructure of the human 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-2 (PLCG2) protein
要素1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-2
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / Lipid metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


inositol trisphosphate biosynthetic process / regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / positive regulation of dendritic cell cytokine production / follicular B cell differentiation / phosphoinositide phospholipase C / antifungal innate immune response / positive regulation of interleukin-23 production / cellular response to lectin / phosphorylation-dependent protein binding / response to yeast ...inositol trisphosphate biosynthetic process / regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / positive regulation of dendritic cell cytokine production / follicular B cell differentiation / phosphoinositide phospholipase C / antifungal innate immune response / positive regulation of interleukin-23 production / cellular response to lectin / phosphorylation-dependent protein binding / response to yeast / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition / phosphatidylinositol metabolic process / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / positive regulation of phagocytosis, engulfment / cell activation / positive regulation of neuroinflammatory response / Erythropoietin activates Phospholipase C gamma (PLCG) / phospholipase C activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phospholipase C activity / phosphatidylinositol biosynthetic process / programmed cell death / macrophage activation involved in immune response / phospholipid catabolic process / cellular response to lipid / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of programmed cell death / positive regulation of macrophage cytokine production / toll-like receptor signaling pathway / phosphatidylinositol-mediated signaling / Dectin-2 family / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / intracellular vesicle / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / Fc-epsilon receptor signaling pathway / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / B cell activation / positive regulation of intracellular signal transduction / regulation of lipid metabolic process / positive regulation of interleukin-10 production / positive regulation of receptor internalization / Generation of second messenger molecules / positive regulation of epithelial cell migration / positive regulation of type I interferon production / Role of phospholipids in phagocytosis / response to axon injury / GPVI-mediated activation cascade / release of sequestered calcium ion into cytosol / phosphotyrosine residue binding / positive regulation of interleukin-12 production / FCERI mediated Ca+2 mobilization / positive regulation of interleukin-2 production / positive regulation of calcium-mediated signaling / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / cellular response to calcium ion / protein tyrosine kinase binding / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / B cell differentiation / B cell receptor signaling pathway / FCERI mediated MAPK activation / calcium-mediated signaling / CLEC7A (Dectin-1) signaling / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / platelet activation / positive regulation of interleukin-6 production / ruffle membrane / Wnt signaling pathway / positive regulation of tumor necrosis factor production / DAP12 signaling / T cell receptor signaling pathway / scaffold protein binding / Potential therapeutics for SARS / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / intracellular signal transduction / membrane raft / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / extracellular exosome / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-2, SH3 domain / Phosphatidylinositol-4, 5-bisphosphate phosphodiesterase gamma / PLC-gamma, C-terminal SH2 domain / PLC-gamma, N-terminal SH2 domain / : / PLCG EF-hand motif 2 / Pleckstrin homology domain / Phosphoinositide phospholipase C family / Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, Y domain ...1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-2, SH3 domain / Phosphatidylinositol-4, 5-bisphosphate phosphodiesterase gamma / PLC-gamma, C-terminal SH2 domain / PLC-gamma, N-terminal SH2 domain / : / PLCG EF-hand motif 2 / Pleckstrin homology domain / Phosphoinositide phospholipase C family / Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase Y-box domain profile. / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain Y / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain X / Phosphatidylinositol-specific phospholipase X-box domain profile. / PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain superfamily / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / EF-hand domain pair / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Faille, A. / Warren, A.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom) 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of human PLCG2
著者: Faille, A.J. / Qamar, S. / Warren, A.J. / St George-Hyslop, P.
履歴
登録2023年9月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,0751
ポリマ－148,0751
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-2


分子量: 148074.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLCG2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P16885
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-2
タイプ: CELL / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R0./1
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 130911 / 対称性のタイプ: POINT
精密化解像度: 3.5→3.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.859 / SU B: 17.532 / SU ML: 0.297 / ESU R: 0.435
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.39488 --
obs0.39488 107886 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 244.72 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 9441
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0080.0129665
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d00.0169057
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.2161.65413055
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg0.4211.57520916
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg4.97251148
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg3.407572
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg25.303101751
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0570.21399
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0060.0211232
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0020.022296
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it19.65923.1654604
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other19.65723.1654604
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it31.9341.7285748
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other31.92741.7285749
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it22.06725.9335061
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other22.06525.9345062
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other36.80346.5367308
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined65.999268.441319
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other65.999268.441320
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork0.621 7997 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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