PDB-8qj1: Cryo-EM structure of human islet amyloid polypeptide (hIAPP) muta...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qj1

タイトル

Cryo-EM structure of human islet amyloid polypeptide (hIAPP) mutant A25P, polymorph 1

要素

Islet amyloid polypeptide

キーワード

PROTEIN FIBRIL / amyloid

機能・相同性

機能・相同性情報

amylin receptor 3 signaling pathway / amylin receptor 2 signaling pathway / amylin receptor 1 signaling pathway / amylin receptor signaling pathway / Calcitonin-like ligand receptors / negative regulation of amyloid fibril formation / negative regulation of bone resorption / eating behavior / negative regulation of osteoclast differentiation / Regulation of gene expression in beta cells ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.06 Å

データ登録者

Ooi, S.A. / Valli, D. / Maj, M.

資金援助

スウェーデン, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of human islet amyloid polypeptide (hIAPP) mutant A25P, polymorph 1
著者: Ooi, S.A. / Valli, D. / Maj, M.

履歴

登録	2023年9月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年5月21日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年5月21日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年5月21日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年5月21日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年5月21日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年5月21日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2025年7月30日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / em_admin ...atom_site / em_admin / em_software / pdbx_contact_author / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_validate_torsion / struct_conn / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _em_admin.last_update / _em_software.category / _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id / _em_software.imaging_id / _em_software.name / _em_software.version / _struct_conn.pdbx_dist_value 解説: Atomic clashes / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 1.1	2025年7月30日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata Item: _em_admin.last_update / _em_software.category ..._em_admin.last_update / _em_software.category / _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id / _em_software.imaging_id / _em_software.name / _em_software.version

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qj1.cif.gz	96.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qj1.ent.gz	79.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qj1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8qj1_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8qj1_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	8qj1_validation.xml.gz	29.9 KB	表示
CIF形式データ	8qj1_validation.cif.gz	43.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/8qj1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/8qj1	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	18441MC 8qvp 8qvq 8qvr 8r1s 8rm8 8rm9 M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #14 - 2001年2月インスリン (Insulin) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Islet amyloid polypeptide

B: Islet amyloid polypeptide

C: Islet amyloid polypeptide

D: Islet amyloid polypeptide

E: Islet amyloid polypeptide

F: Islet amyloid polypeptide

G: Islet amyloid polypeptide

H: Islet amyloid polypeptide

I: Islet amyloid polypeptide

J: Islet amyloid polypeptide

K: Islet amyloid polypeptide

L: Islet amyloid polypeptide

M: Islet amyloid polypeptide

N: Islet amyloid polypeptide

O: Islet amyloid polypeptide

59 kDa, 15 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質・ペプチド	Islet amyloid polypeptide 分子量: 3933.349 Da / 分子数: 15 / 変異: A25P / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P10997
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Human islet amyloid polypeptide (hIAPP) / タイプ: CELL / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)	生物種: synthetic construct (人工物)
緩衝液	pH: 7.4
試料	濃度: 0.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持	グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結	装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影	電子線照射量: 39.849 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
1	RELION		粒子像選択
2	EPU	2.12.1	画像取得
4	CTFFIND		CTF補正
7	Coot		モデルフィッティング
9	PHENIX		モデル精密化
13	RELION	4.0.0	３次元再構成

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

らせん対称

回転角度/サブユニット: -2.13 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.85 Å / らせん対称軸の対称性: C3

3次元再構成

解像度: 3.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 9628 / 対称性のタイプ: HELICAL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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