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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qh5 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of UVSSA(VHS)-CSA-DDB1-DDA1 | |||||||||
要素 |
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キーワード | LIGASE / Ubiquitin ligase / DNA repair | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of transcription-coupled nucleotide-excision repair / nucleotide-excision repair complex / single strand break repair / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / spindle assembly involved in female meiosis / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / UV-damage excision repair / biological process involved in interaction with symbiont ...regulation of transcription-coupled nucleotide-excision repair / nucleotide-excision repair complex / single strand break repair / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / spindle assembly involved in female meiosis / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / UV-damage excision repair / biological process involved in interaction with symbiont / regulation of mitotic cell cycle phase transition / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / WD40-repeat domain binding / ubiquitin ligase complex scaffold activity / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / RNA polymerase II complex binding / cullin family protein binding / viral release from host cell / response to X-ray / positive regulation of DNA repair / ectopic germ cell programmed cell death / proteasomal protein catabolic process / protein autoubiquitination / transcription-coupled nucleotide-excision repair / positive regulation of viral genome replication / response to UV / positive regulation of gluconeogenesis / regulation of circadian rhythm / nucleotide-excision repair / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / DNA Damage Recognition in GG-NER / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual Incision in GG-NER / Wnt signaling pathway / Formation of Incision Complex in GG-NER / nuclear matrix / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / protein polyubiquitination / positive regulation of protein catabolic process / rhythmic process / chromosome / cellular response to UV / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Neddylation / protein-macromolecule adaptor activity / site of double-strand break / chromosome, telomeric region / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / response to oxidative stress / damaged DNA binding / protein ubiquitination / DNA repair / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex binding / nucleolus / apoptotic process / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Lee, S.-H. / Sixma, T.K. | |||||||||
資金援助 | オランダ, European Union, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: CryoEM structure of UVSSA(VHS)-CSA-DDB1-DDA1 著者: Lee, S.-H. / Sixma, T.K. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8qh5.cif.gz | 513.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8qh5.ent.gz | 407.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8qh5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8qh5_validation.pdf.gz | 717.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8qh5_full_validation.pdf.gz | 739.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8qh5_validation.xml.gz | 49.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8qh5_validation.cif.gz | 75.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/8qh5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/8qh5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 18398MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 82923.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: The construct contains an N-terminal His tag. / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UVSSA, KIAA1530 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q2YD98 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 45465.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The construct contains a Strep tag II at the C-terminus 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERCC8, CKN1, CSA 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q13216 |
#3: タンパク質 | 分子量: 129298.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: The construct contains an N-terminal His tag. / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDB1, XAP1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q16531 |
#4: タンパク質 | 分子量: 16997.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The construct contains a TwinStrep tag and a Flag tag at the C-terminus. 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDA1, C19orf58, PCIA1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9BW61 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Ternary complex of UVSSA(VHS)-CSA-DDB1-DDA1 / タイプ: COMPLEX 詳細: Ternary complex of ubiquitinated UVSSA-USP7-CSA-DDB1-DDA1. USP7 is invisible in the cryoEM map. Entity ID: #2-#4, #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.21 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.13 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was glutaraldehyde crosslinked | ||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: The grid was coated with graphene oxide. / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS 詳細: Collected on Krios 1 at Netherlands Center for Electron Nanoscopy (NeCEN) |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1382 |
電子光学装置 | エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 723908 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 294142 詳細: Combined from focused maps reconstructed with various particle numbers. 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL 詳細: Additional densities are observed near several cysteine residues (A/Cys222, A/Cys260, A/Cys288, B/Cys363, B/Cys725, B/Cys1008). We expect these are oxidized products or crosslinking side products. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 3D fitting-ID: 1
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