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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qcb | ||||||
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タイトル | CryoEM structure of a S. Cerevisiae Ski2387 complex in the open state | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE / Helicase / RNA binding / RNA degradation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / Ski complex / protein-DNA complex assembly / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / reciprocal meiotic recombination / nonfunctional rRNA decay / nuclear chromosome / mRNA catabolic process / nuclear-transcribed mRNA catabolic process ...mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / Ski complex / protein-DNA complex assembly / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / reciprocal meiotic recombination / nonfunctional rRNA decay / nuclear chromosome / mRNA catabolic process / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / translational elongation / translation elongation factor activity / protein catabolic process / regulation of translation / protein-macromolecule adaptor activity / protein-containing complex assembly / defense response to virus / RNA helicase activity / RNA helicase / translation / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / protein-containing complex binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Keidel, A. / Koegel, A. / Reichelt, P. / Kowalinski, E. / Schaefer, I.B. / Conti, E. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023 タイトル: Concerted structural rearrangements enable RNA channeling into the cytoplasmic Ski238-Ski7-exosome assembly. 著者: Achim Keidel / Alexander Kögel / Peter Reichelt / Eva Kowalinski / Ingmar B Schäfer / Elena Conti / 要旨: The Ski2-Ski3-Ski8 (Ski238) helicase complex directs cytoplasmic mRNAs toward the nucleolytic exosome complex for degradation. In yeast, the interaction between Ski238 and exosome requires the ...The Ski2-Ski3-Ski8 (Ski238) helicase complex directs cytoplasmic mRNAs toward the nucleolytic exosome complex for degradation. In yeast, the interaction between Ski238 and exosome requires the adaptor protein Ski7. We determined different cryo-EM structures of the Ski238 complex depicting the transition from a rigid autoinhibited closed conformation to a flexible active open conformation in which the Ski2 helicase module has detached from the rest of Ski238. The open conformation favors the interaction of the Ski3 subunit with exosome-bound Ski7, leading to the recruitment of the exosome. In the Ski238-Ski7-exosome holocomplex, the Ski2 helicase module binds the exosome cap, enabling the RNA to traverse from the helicase through the internal exosome channel to the Rrp44 exoribonuclease. Our study pinpoints how conformational changes within the Ski238 complex regulate exosome recruitment for RNA degradation. We also reveal the remarkable conservation of helicase-exosome RNA channeling mechanisms throughout eukaryotic nuclear and cytoplasmic exosome complexes. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8qcb.cif.gz | 340.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8qcb.ent.gz | 241.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8qcb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8qcb_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8qcb_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8qcb_validation.xml.gz | 52.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8qcb_validation.cif.gz | 79.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/8qcb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/8qcb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 146259.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: SKI2, YLR398C, L8084.17 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P35207, RNA helicase | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 164278.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: SKI3 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P17883 | ||
#3: タンパク質 | 分子量: 44283.527 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: SKI8 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q02793 #4: タンパク質 | | 分子量: 28345.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: SKI7, YOR076C, YOR29-27 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08491 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Ski2delarch387 PolyU RNA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 単位: KILODALTONS/NANOMETER / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
由来(組換発現) | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 600 nm |
撮影 | 電子線照射量: 77.7 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 7127 |
-解析
EMソフトウェア | 名称: cryoSPARC / バージョン: 3.3.2 / カテゴリ: 分類 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 357690 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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