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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qau | |||||||||
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タイトル | Outer kinetochore Ndc80-Dam1 alpha/beta-tubulin complex | |||||||||
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![]() | CELL CYCLE / Kinetochore / microtubule / error correction / chromosome segregation | |||||||||
機能・相同性 | ![]() mitotic spindle polar microtubule / Ndc80 complex / DASH complex / protein transport along microtubule to mitotic spindle pole body / mitotic sister chromatid biorientation / kinetochore organization / positive regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / meiotic chromosome segregation / mitotic spindle pole body / attachment of spindle microtubules to kinetochore ...mitotic spindle polar microtubule / Ndc80 complex / DASH complex / protein transport along microtubule to mitotic spindle pole body / mitotic sister chromatid biorientation / kinetochore organization / positive regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / meiotic chromosome segregation / mitotic spindle pole body / attachment of spindle microtubules to kinetochore / condensed chromosome, centromeric region / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / spindle pole body / protein localization to kinetochore / positive regulation of microtubule polymerization / mitotic spindle organization / chromosome segregation / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton / mitotic spindle / kinetochore / microtubule cytoskeleton organization / mitotic cell cycle / microtubule / hydrolase activity / cell division / GTPase activity / protein-containing complex binding / GTP binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.54 Å | |||||||||
![]() | Muir, K.W. / Barford, D. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Mechanism of outer kinetochore assembly on microtubules and its regulation by mitotic error correction 著者: Muir, K.W. / Batters, C. / Dendooven, T. / Yang, J. / Zhang, Z. / Burt, A. / Barford, D. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 266.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 192.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 48.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 72.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 18304MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 3種, 3分子 CDE
#1: タンパク質 | 分子量: 50121.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 49907.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#5: タンパク質 | 分子量: 38477.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: DAM1 / 発現宿主: ![]() |
-Kinetochore protein ... , 2種, 2分子 AB
#3: タンパク質 | 分子量: 80609.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: NDC80 / 発現宿主: ![]() |
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#4: タンパク質 | 分子量: 53025.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: NUF2 / 発現宿主: ![]() |
-非ポリマー , 4種, 4分子 ![](data/chem/img/GTP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GDP.gif)
![](data/chem/img/TA1.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GDP.gif)
![](data/chem/img/TA1.gif)
#6: 化合物 | ChemComp-GTP / |
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#7: 化合物 | ChemComp-MG / |
#8: 化合物 | ChemComp-GDP / |
#9: 化合物 | ChemComp-TA1 / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Outer kinetochore Ndc80-Nuf2 CH domains bound to Dam1 in complex with alpha-beta tubulin タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 6.8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.54 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 95730 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 540.98 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL 詳細: Initial rigid body fitting was performed in chimera, with manual correction in coot and real-space refinement in PHENIX | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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