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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8q7c | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Adenovirus C5 hexon | ||||||
要素 | Hexon protein | ||||||
キーワード | VIRUS / capsid protein / trimer | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 T=25 icosahedral viral capsid / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / host cell / viral capsid / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / structural molecule activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human adenovirus 5 (ヒトアデノウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Zoll, S. / Dhillon, A. | ||||||
資金援助 | チェコ, 1件
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引用 | ジャーナル: J Virol / 年: 2024 タイトル: Structural insights into the interaction between adenovirus C5 hexon and human lactoferrin. 著者: Arun Dhillon / B David Persson / Alexander N Volkov / Hagen Sülzen / Alan Kádek / Petr Pompach / Sami Kereïche / Martin Lepšík / Katarina Danskog / Charlotte Uetrecht / Niklas Arnberg / Sebastian Zoll / 要旨: Adenovirus (AdV) infection of the respiratory epithelium is common but poorly understood. Human AdV species C types, such as HAdV-C5, utilize the Coxsackie-adenovirus receptor (CAR) for attachment ...Adenovirus (AdV) infection of the respiratory epithelium is common but poorly understood. Human AdV species C types, such as HAdV-C5, utilize the Coxsackie-adenovirus receptor (CAR) for attachment and subsequently integrins for entry. CAR and integrins are however located deep within the tight junctions in the mucosa where they would not be easily accessible. Recently, a model for CAR-independent AdV entry was proposed. In this model, human lactoferrin (hLF), an innate immune protein, aids the viral uptake into epithelial cells by mediating interactions between the major capsid protein, hexon, and yet unknown host cellular receptor(s). However, a detailed understanding of the molecular interactions driving this mechanism is lacking. Here, we present a new cryo-EM structure of HAdV-5C hexon at high resolution alongside a hybrid structure of HAdV-5C hexon complexed with human lactoferrin (hLF). These structures reveal the molecular determinants of the interaction between hLF and HAdV-C5 hexon. hLF engages hexon primarily its N-terminal lactoferricin (Lfcin) region, interacting with hexon's hypervariable region 1 (HVR-1). Mutational analyses pinpoint critical Lfcin contacts and also identify additional regions within hLF that critically contribute to hexon binding. Our study sheds more light on the intricate mechanism by which HAdV-C5 utilizes soluble hLF/Lfcin for cellular entry. These findings hold promise for advancing gene therapy applications and inform vaccine development. IMPORTANCE: Our study delves into the structural aspects of adenovirus (AdV) infections, specifically HAdV-C5 in the respiratory epithelium. It uncovers the molecular details of a novel pathway where ...IMPORTANCE: Our study delves into the structural aspects of adenovirus (AdV) infections, specifically HAdV-C5 in the respiratory epithelium. It uncovers the molecular details of a novel pathway where human lactoferrin (hLF) interacts with the major capsid protein, hexon, facilitating viral entry, and bypassing traditional receptors such as CAR and integrins. The study's cryo-EM structures reveal how hLF engages hexon, primarily through its N-terminal lactoferricin (Lfcin) region and hexon's hypervariable region 1 (HVR-1). Mutational analyses identify critical Lfcin contacts and other regions within hLF vital for hexon binding. This structural insight sheds light on HAdV-C5's mechanism of utilizing soluble hLF/Lfcin for cellular entry, holding promise for gene therapy and vaccine development advancements in adenovirus research. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8q7c.cif.gz | 656.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8q7c.ent.gz | 429.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8q7c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8q7c_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8q7c_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8q7c_validation.xml.gz | 81.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8q7c_validation.cif.gz | 119.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/8q7c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/8q7c | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 18212MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 108107.617 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Human adenovirus 5 (ヒトアデノウイルス) 参照: UniProt: P04133 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Ternary complex of adenovirus C5 hexon polypeptides / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 0.324 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Human adenovirus 5 (ヒトアデノウイルス) |
緩衝液 | pH: 7.2 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 55 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 IS (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 53396 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 166.96 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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