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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8q3k | ||||||||||||
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タイトル | The open state of the ASFV apo-RNA polymerase | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION / RNA polymerase / ASFV / eukaryotic virus | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA-templated viral transcription / RNA polymerase III activity / viral transcription / RNA polymerase II activity / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / DNA-directed RNA polymerase complex / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase ...DNA-templated viral transcription / RNA polymerase III activity / viral transcription / RNA polymerase II activity / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / DNA-directed RNA polymerase complex / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / virion component / host cell cytoplasm / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | African swine fever virus BA71V (ウイルス) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.92 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Pilotto, S. / Sykora, M. / Cackett, G. / Werner, F. | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Structure of the recombinant RNA polymerase from African Swine Fever Virus. 著者: Simona Pilotto / Michal Sýkora / Gwenny Cackett / Christopher Dulson / Finn Werner / 要旨: African Swine Fever Virus is a Nucleo-Cytoplasmic Large DNA Virus that causes an incurable haemorrhagic fever in pigs with a high impact on global food security. ASFV replicates in the cytoplasm of ...African Swine Fever Virus is a Nucleo-Cytoplasmic Large DNA Virus that causes an incurable haemorrhagic fever in pigs with a high impact on global food security. ASFV replicates in the cytoplasm of the infected cell and encodes its own transcription machinery that is independent of cellular factors, however, not much is known about how this system works at a molecular level. Here, we present methods to produce recombinant ASFV RNA polymerase, functional assays to screen for inhibitors, and high-resolution cryo-electron microscopy structures of the ASFV RNAP in different conformational states. The ASFV RNAP bears a striking resemblance to RNAPII with bona fide homologues of nine of its twelve subunits. Key differences include the fusion of the ASFV assembly platform subunits RPB3 and RPB11, and an unusual C-terminal domain of the stalk subunit vRPB7 that is related to the eukaryotic mRNA cap 2´-O-methyltransferase 1. Despite the high degree of structural conservation with cellular RNA polymerases, the ASFV RNAP is resistant to the inhibitors rifampicin and alpha-amanitin. The cryo-EM structures and fully recombinant RNAP system together provide an important tool for the design, development, and screening of antiviral drugs in a low biosafety containment environment. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8q3k.cif.gz | 731 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8q3k.ent.gz | 583.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8q3k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8q3k_validation.pdf.gz | 971.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8q3k_full_validation.pdf.gz | 999.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8q3k_validation.xml.gz | 94.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8q3k_validation.cif.gz | 146.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/8q3k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/8q3k | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 18129MC 8q3bC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA-directed RNA polymerase ... , 7種, 7分子 ABCDEFJ
#1: タンパク質 | 分子量: 163936.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) African swine fever virus BA71V (ウイルス) 遺伝子: Ba71V-99, NP1450L / プラスミド: pBIG2 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P42486, DNA-directed RNA polymerase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 140119.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The protein was expressed with a His-ZZ tag at the N-terminus. The tag was cleaved during purification using TEV protease which left a G at the beginning of the correct sequence 由来: (組換発現) African swine fever virus BA71V (ウイルス) 遺伝子: Ba71V-053 / プラスミド: pBIG2 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P42487 |
#3: タンパク質 | 分子量: 41352.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) African swine fever virus BA71V (ウイルス) 遺伝子: Ba71V-113 / プラスミド: pBIG2 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q65184 |
#4: タンパク質 | 分子量: 38789.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) African swine fever virus BA71V (ウイルス) 遺伝子: Ba71V-105 / プラスミド: pBIG2 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q89907 |
#5: タンパク質 | 分子量: 23693.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) African swine fever virus BA71V (ウイルス) 遺伝子: Ba71V-108 / プラスミド: pBIG2 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q65181 |
#6: タンパク質 | 分子量: 16704.811 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) African swine fever virus BA71V (ウイルス) 遺伝子: Ba71V-069 / プラスミド: pBIG2 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P42484 |
#8: タンパク質 | 分子量: 9098.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) African swine fever virus BA71V (ウイルス) 遺伝子: Ba71V-95 / プラスミド: pBIG2 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P42488 |
-タンパク質 , 1種, 1分子 I
#7: タンパク質 | 分子量: 11831.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) African swine fever virus BA71V (ウイルス) 遺伝子: Ba71V-065 / プラスミド: pBIG2 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q65157 |
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-非ポリマー , 2種, 7分子
#9: 化合物 | ChemComp-ZN / #10: 化合物 | ChemComp-MG / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: apo-form of the 8-subunit RNA polymerase from African Swine Fever Virus タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#8 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.45 MDa / 実験値: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: African swine fever virus BA71V (ウイルス) | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株: High Five / プラスミド: pBIG2 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.05 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisparse | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2700 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 2.6 sec. / 電子線照射量: 48.152 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 14638 詳細: Images were collected in movie-mode for a total of 50 frames per image. The data collection was carried out in super-resolution mode and binned 2 on-the-fly. |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: Images were motion corrected in Relion v4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 4842857 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.92 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 352192 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 84.5995 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: cross-correlation coefficient | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | Accession code: 8Q3B 詳細: The complete biological assembly for the PDB entry 8Q3B was used for the docking in the new map Source name: Other / タイプ: experimental model | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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