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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8q30 | ||||||
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タイトル | Sulfolobus acidocaldarius AAP filament. | ||||||
要素 | DUF4352 domain-containing protein | ||||||
キーワード | PROTEIN FIBRIL / cell surface appendage / N-glycosylation | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulin-like fold / membrane / DUF4352 domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.22 Å | ||||||
データ登録者 | Isupov, M.N. / Gaines, M. / Daum, B. / McLaren, M. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: CryoEM reveals the structure of an archaeal pilus involved in twitching motility. 著者: Matthew C Gaines / Shamphavi Sivabalasarma / Michail N Isupov / Risat Ul Haque / Mathew McLaren / Cyril Hanus / Vicki A M Gold / Sonja-Verena Albers / Bertram Daum / 要旨: Amongst the major types of archaeal filaments, several have been shown to closely resemble bacterial homologues of the Type IV pili (T4P). Within Sulfolobales, member species encode for three types ...Amongst the major types of archaeal filaments, several have been shown to closely resemble bacterial homologues of the Type IV pili (T4P). Within Sulfolobales, member species encode for three types of T4P, namely the archaellum, the UV-inducible pilus system (Ups) and the archaeal adhesive pilus (Aap). Whereas the archaellum functions primarily in swimming motility, and the Ups in UV-induced cell aggregation and DNA-exchange, the Aap plays an important role in adhesion and twitching motility. Here, we present a cryoEM structure of the Aap of the archaeal model organism Sulfolobus acidocaldarius. We identify the component subunit as AapB and find that while its structure follows the canonical T4P blueprint, it adopts three distinct conformations within the pilus. The tri-conformer Aap structure that we describe challenges our current understanding of pilus structure and sheds new light on the principles of twitching motility. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8q30.cif.gz | 1.8 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8q30.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8q30.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8q30_validation.pdf.gz | 2.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8q30_full_validation.pdf.gz | 2.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8q30_validation.xml.gz | 237.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8q30_validation.cif.gz | 383.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/8q30 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/8q30 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 18119MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14177.022 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性) 参照: UniProt: A0A0U3GLH8 #2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #3: 多糖 | 6-deoxy-6-sulfo-beta-D-glucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...6-deoxy-6-sulfo-beta-D-glucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose タイプ: oligosaccharide / 分子量: 650.606 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 組換発現 #4: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Filament / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性) |
緩衝液 | pH: 3 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Mixed population of filaments isolated from Sulfolobus acidocaldarius |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 42.33 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 6272 |
-解析
EMソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0267 / カテゴリ: モデル精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: -39.879 ° / 軸方向距離/サブユニット: 15.403 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.22 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 947729 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: HELICAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: RECIPROCAL 詳細: Jligand was used for preparing dictionaries for an unusual sugars | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 3.22→3.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.838 / SU B: 7.068 / SU ML: 0.116 / ESU R: 0.112 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 74.836 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 合計: 77784 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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