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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8q1b | ||||||
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タイトル | III2-IV1 respiratory supercomplex from S. pombe | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Supercomplex / respiration | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Respiratory electron transport / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial processing peptidase complex / mitochondrial processing peptidase / mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / : / : / cytochrome-c oxidase / : ...Respiratory electron transport / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial processing peptidase complex / mitochondrial processing peptidase / mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / : / : / cytochrome-c oxidase / : / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / enzyme regulator activity / proton transmembrane transport / mitochondrial membrane / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / copper ion binding / heme binding / structural molecule activity / mitochondrion / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||
データ登録者 | Moe, A. / Brzezinski, P. | ||||||
資金援助 | スウェーデン, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023 タイトル: Structure and function of the III-IV-cyt supercomplex. 著者: Agnes Moe / Anna-Roza Dimogkioka / Doron Rapaport / Linda Näsvik Öjemyr / Peter Brzezinski / 要旨: The respiratory chain in aerobic organisms is composed of a number of membrane-bound protein complexes that link electron transfer to proton translocation across the membrane. In mitochondria, the ...The respiratory chain in aerobic organisms is composed of a number of membrane-bound protein complexes that link electron transfer to proton translocation across the membrane. In mitochondria, the final electron acceptor, complex IV (CIV), receives electrons from dimeric complex III (CIII), via a mobile electron carrier, cytochrome . In the present study, we isolated the CIIICIV supercomplex from the fission yeast and determined its structure with bound cyt. using single-particle electron cryomicroscopy. A respiratory supercomplex factor 2 was found to be bound at CIV distally positioned in the supercomplex. In addition to the redox-active metal sites, we found a metal ion, presumably Zn, coordinated in the CIII subunit Cor1, which is encoded by the same gene () as the mitochondrial-processing peptidase subunit β. Our data show that the isolated CIIICIV supercomplex displays proteolytic activity suggesting a dual role of CIII in . As in the supercomplex from , subunit Cox5 of CIV faces towards one CIII monomer, but in the two complexes are rotated relative to each other by ~45°. This orientation yields equal distances between the cyt. binding sites at CIV and at each of the two CIII monomers. The structure shows cyt. bound at four positions, but only along one of the two symmetrical branches. Overall, this combined structural and functional study reveals the integration of peptidase activity with the CIII respiratory system and indicates a two-dimensional cyt. diffusion mechanism within the CIII-CIV supercomplex. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8q1b.cif.gz | 1.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8q1b.ent.gz | 990 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8q1b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8q1b_validation.pdf.gz | 2.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8q1b_full_validation.pdf.gz | 2.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8q1b_validation.xml.gz | 172.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8q1b_validation.cif.gz | 255 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/8q1b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/8q1b | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 18062MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 4種, 7分子 ALCNDOl
#1: タンパク質 | 分子量: 50802.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q9P7X1 #3: タンパク質 | 分子量: 43760.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P05501 #4: タンパク質 | 分子量: 34383.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O59680 #22: タンパク質 | | 分子量: 27084.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q9P3B2 |
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-Cytochrome b-c1 complex subunit ... , 7種, 14分子 BMEPFQGRHSITJU
#2: タンパク質 | 分子量: 45704.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P78761 #5: タンパク質 | 分子量: 24769.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q09154 #6: タンパク質 | 分子量: 24340.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O42932 #7: タンパク質 | 分子量: 16058.521 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O74533 #8: タンパク質 | 分子量: 10481.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P50523 #9: タンパク質 | 分子量: 7807.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O74433 #10: タンパク質 | 分子量: 9136.762 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q9P7E0 |
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-Cytochrome c oxidase subunit ... , 9種, 9分子 abcdfgijk
#11: タンパク質 | 分子量: 59607.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P07657, cytochrome-c oxidase |
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#12: タンパク質 | 分子量: 28139.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P21534, cytochrome-c oxidase |
#13: タンパク質 | 分子量: 30432.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P14575, cytochrome-c oxidase |
#14: タンパク質 | 分子量: 17624.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P79010 |
#16: タンパク質 | 分子量: 15958.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q9UTF6 |
#17: タンパク質 | 分子量: 6741.878 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: G2TRP5 |
#19: タンパク質 | 分子量: 6652.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O94705 |
#20: タンパク質 | 分子量: 10275.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O94581 |
#21: タンパク質 | 分子量: 15224.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O74471 |
-Cytochrome c oxidase polypeptide ... , 2種, 2分子 eh
#15: タンパク質 | 分子量: 24933.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) 遺伝子: cox5, SPCC338.10c / 発現宿主: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O74988 |
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#18: タンパク質 | 分子量: 7512.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q9P4W1 |
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 m
#23: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2230.741 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) |
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-非ポリマー , 13種, 39分子
#24: 化合物 | #25: 化合物 | ChemComp-CDL / #26: 化合物 | ChemComp-PCF / #27: 化合物 | ChemComp-PEF / #28: 化合物 | ChemComp-HEM / #29: 化合物 | #30: 化合物 | #31: 化合物 | #32: 化合物 | #33: 化合物 | ChemComp-CU / | #34: 化合物 | ChemComp-CA / | #35: 化合物 | ChemComp-MG / | #36: 化合物 | ChemComp-CUA / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: III2-IV1 respiratory supercomplex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#23 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-2/2 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 600 nm |
撮影 | 電子線照射量: 41 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 125752 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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