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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8q05 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Chlorella sorokiniana Rubisco with CsLinker (alpha3-alpha4) bound: D4 symmetry expanded | ||||||||||||||||||
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![]() | PLANT PROTEIN / Rubisco | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() L-amino acid transmembrane transporter activity / photorespiration / ribulose-bisphosphate carboxylase / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / monooxygenase activity / chloroplast / magnesium ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.77 Å | ||||||||||||||||||
![]() | Barrett, J. / Blaza, J.N. / Mackinder, L.C.M. | ||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A promiscuous mechanism to phase separate eukaryotic carbon fixation 著者: Barrett, J. / Naduthodi, M.I.S. / Mao, Y. / Degut, C. / Musial, S. / Leake, M.C. / Plevin, M.J. / McCormick, A.J. / Blaza, J.N. / Mackinder, L.C.M. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 869.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 714.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 109.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 175.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 18050MC ![]() 8q04C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14455.838 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 52580.418 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 20507.385 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 6.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Chlorella Rubisco at 0.3 mg/mL (0.5 micromolar) was mixed with the alpha3-alpha4 fragment at 16 micromolar and incubated for 10 minutes at room temperature before grid preparation. | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: The pressure was not recorded / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K / 詳細: Blot force -5, 8 s blot |
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電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: TFS GLACIOS |
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電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 240000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 6.52 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4447 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 237035 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.77 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 133171 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT |