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- PDB-8q04: Chlorella sorokiniana Rubisco: D4 symmetry imposed -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8q04
タイトルChlorella sorokiniana Rubisco: D4 symmetry imposed
要素
  • Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
  • Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic
キーワードPLANT PROTEIN / Rubisco
機能・相同性
機能・相同性情報


L-amino acid transmembrane transporter activity / photorespiration / ribulose-bisphosphate carboxylase / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / monooxygenase activity / chloroplast / magnesium ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Amino acid transporter, transmembrane domain / Transmembrane amino acid transporter protein / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase large subunit, type I / Ribulose bisphosphate carboxylase, large chain, active site / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain active site. ...Amino acid transporter, transmembrane domain / Transmembrane amino acid transporter protein / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase large subunit, type I / Ribulose bisphosphate carboxylase, large chain, active site / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain active site. / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, ferrodoxin-like N-terminal / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal / RuBisCO / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain superfamily / RuBisCO large subunit, N-terminal domain superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, catalytic domain / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
類似検索 - 構成要素
生物種Chlorella sorokiniana (植物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Barrett, J. / Blaza, J.N. / Mackinder, L.C.M.
資金援助 英国, 5件
組織認可番号国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/W024063/1 英国
Future Leader FellowshipMR/T020679/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/S015337/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M011151/1a 英国
Future Leader FellowshipMR/T040742/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A promiscuous mechanism to phase separate eukaryotic carbon fixation
著者: Barrett, J. / Naduthodi, M.I.S. / Mao, Y. / Degut, C. / Musial, S. / Leake, M.C. / Plevin, M.J. / McCormick, A.J. / Blaza, J.N. / Mackinder, L.C.M.
履歴
登録2023年7月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
P: Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic
B: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
C: Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic
D: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
E: Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic
F: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
G: Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic
H: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
I: Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic
J: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
K: Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic
L: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
M: Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic
N: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
O: Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)584,70216
ポリマ－584,70216
非ポリマー00
水22,6091255
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis, The purified protein runs in a clean band well above a 240 kDa marker band.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
Ribulose bisphosphate carboxylase large chain / RuBisCO large subunit


分子量: 52580.418 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella sorokiniana (植物) / 株: UTEX1230 (SAG211-8k) / 参照: UniProt: W8SUA8, ribulose-bisphosphate carboxylase
#2: タンパク質
Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic


分子量: 20507.385 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella sorokiniana (植物) / 株: UTEX1230 (SAG211-8k) / 参照: UniProt: A0A2P6U2H5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Rubisco holoenzyme purified from Chlorella sorokiniana UTEX1230
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Chlorella sorokiniana (植物) / 株: UTEX1230 (SAG211-8k) / 細胞内の位置: Chloroplast / Organelle: Pyrenoid
緩衝液pH: 6.8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMHEPESC8H18N2O4S1
2200 mMSorbitolC6H14O61
350 mMPotassium acetateCH3CO2K1
42 mMMagnesium acetate tetrahydrateMg(CH3COO)2,4H2O1
51 mMCalcium chlorideCaCl21
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Chlorella sorokiniana Rubisco at 0.3 mg/mL (0.5 micromolar) was incubated with alpha3-alpha4 at 16 micromolar.
試料支持詳細: Pressure was not recorded / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 240000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 6.52 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4447

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1RELION3.1粒子像選択Particles were autopicked based on 2D classes following a round of manual picking
2EPU画像取得In AFIS mode
4CTFFIND4CTF補正
7UCSF Chimera1.17モデルフィッティングUsed for rigid body fitting
8Coot0.9.8.7モデルフィッティングUsed for flexible fitting
10RELION3.1初期オイラー角割当
11RELION3.1最終オイラー角割当
12RELION3.1分類
13RELION3.1３次元再構成
14PHENIX1.20.1モデル精密化Used for real-space refinement
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 237035
対称性点対称性: D4 (2回x4回 2面回転対称)
3次元再構成解像度: 2.39 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 73962 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 44 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
詳細: Initial rigid body fitting was completed in UCSF Chimrea. Flexible fitting was completed in COOT and the coordinates were real-space refined in Phenix.
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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