PDB-8pys: Cryo-EM structure of the DyP peroxidase-loaded encapsulin nanocom...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pys

タイトル

Cryo-EM structure of the DyP peroxidase-loaded encapsulin nanocompartment from Mycobacterium tuberculosis with icosahedral symmetry imposed.

要素

29 kDa antigen CFP29

キーワード

VIRUS LIKE PARTICLE / Encapsulin / cfp29 / nanocompartment

機能・相同性

Type 1 encapsulin shell protein / Encapsulating protein for peroxidase / : / encapsulin nanocompartment / extracellular region / plasma membrane / Type 1 encapsulin shell protein

機能・相同性情報

生物種

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Willmore, R. / Woodward, J.D.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The 2.7 A resolution cryo-EM reconstruction of Mycobacterium tuberculosis encapsulin nanocompartment containing DyP peroxidase.
著者: Willmore, R. / Woodward, J.D.

履歴

登録	2023年7月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年8月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年7月24日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin Item: _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_admin.last_update

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pys.cif.gz	2.8 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pys.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pys.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8pys_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8pys_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	8pys_validation.xml.gz	327 KB	表示
CIF形式データ	8pys_validation.cif.gz	456.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/py/8pys ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/py/8pys	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	18031MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 29 kDa antigen CFP29

B: 29 kDa antigen CFP29

C: 29 kDa antigen CFP29

D: 29 kDa antigen CFP29

E: 29 kDa antigen CFP29

F: 29 kDa antigen CFP29

G: 29 kDa antigen CFP29

H: 29 kDa antigen CFP29

I: 29 kDa antigen CFP29

J: 29 kDa antigen CFP29

K: 29 kDa antigen CFP29

L: 29 kDa antigen CFP29

M: 29 kDa antigen CFP29

N: 29 kDa antigen CFP29

O: 29 kDa antigen CFP29

P: 29 kDa antigen CFP29

Q: 29 kDa antigen CFP29

R: 29 kDa antigen CFP29

S: 29 kDa antigen CFP29

T: 29 kDa antigen CFP29

U: 29 kDa antigen CFP29

V: 29 kDa antigen CFP29

W: 29 kDa antigen CFP29

X: 29 kDa antigen CFP29

Y: 29 kDa antigen CFP29

Z: 29 kDa antigen CFP29

a: 29 kDa antigen CFP29

b: 29 kDa antigen CFP29

c: 29 kDa antigen CFP29

d: 29 kDa antigen CFP29

e: 29 kDa antigen CFP29

f: 29 kDa antigen CFP29

g: 29 kDa antigen CFP29

h: 29 kDa antigen CFP29

i: 29 kDa antigen CFP29

j: 29 kDa antigen CFP29

k: 29 kDa antigen CFP29

l: 29 kDa antigen CFP29

m: 29 kDa antigen CFP29

n: 29 kDa antigen CFP29

o: 29 kDa antigen CFP29

p: 29 kDa antigen CFP29

q: 29 kDa antigen CFP29

r: 29 kDa antigen CFP29

s: 29 kDa antigen CFP29

t: 29 kDa antigen CFP29

u: 29 kDa antigen CFP29

v: 29 kDa antigen CFP29

w: 29 kDa antigen CFP29

x: 29 kDa antigen CFP29

y: 29 kDa antigen CFP29

z: 29 kDa antigen CFP29

0: 29 kDa antigen CFP29

1: 29 kDa antigen CFP29

2: 29 kDa antigen CFP29

3: 29 kDa antigen CFP29

4: 29 kDa antigen CFP29

5: 29 kDa antigen CFP29

6: 29 kDa antigen CFP29

7: 29 kDa antigen CFP29

1.77 MDa, 60 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	... 29 kDa antigen CFP29 / Encapsulin 分子量: 29554.072 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 遺伝子: cfp29, Rv0798c / 発現宿主: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) / 参照: UniProt: I6WZG6

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: DyP cargo loaded encapsulin nanocompartment / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT

分子量

値: 1 MDa / 実験値: NO

由来(天然)

生物種:

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

由来(組換発現)

生物種:

Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌)

緩衝液

pH: 7.4

緩衝液成分

ID	濃度	名称	式	Buffer-ID
1	50 mM		Tris-HCl	1
2	350 mM	Sodium chloride	NaCl	1
3	10 mM	Imidazole	C₃H₄N₂	1
4	10 v/v	Glycerol	C₃H₈O₃	1

試料

包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

試料支持

グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2

急速凍結

凍結剤: NITROGEN

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影	電子線照射量: 45 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6204

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
2	EPU		画像取得
4	CTFFIND	4.1	CTF補正
7	Coot	0.9.7.	モデルフィッティング
10	RELION	3.1.0.	最終オイラー角割当
11	RELION	3.1.0.	分類
12	RELION	3.1.0.	３次元再構成
13	PHENIX	1.20.1.	モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

粒子像の選択

選択した粒子像数: 150444

対称性

点対称性: I (正20面体型対称)

3次元再構成

解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 121235 / クラス平均像の数: 6 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

B value: 26.39 / プロトコル: RIGID BODY FIT / Target criteria: Cross-correlation coefficient

原子モデル構築

PDB-ID: 7BOJ

7boj

PDB chain-ID: A / Accession code: 7BOJ / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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