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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8pk1 | ||||||
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タイトル | Cas1-Cas2 CRISPR integrase bound to prespacer DNA, Streptococcus thermophilus DGCC 7710 CRISPR3 system | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN / Cas1-Cas2 integrase / CRISPR-Cas / prespacer / spacer acquisition | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 maintenance of CRISPR repeat elements / RNA endonuclease activity / DNA endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptococcus thermophilus DGCC 7710 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.17 Å | ||||||
データ登録者 | Sasnauskas, G. / Gaizauskaite, U. / Tamulaitiene, G. | ||||||
資金援助 | リトアニア, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural basis for spacer acquisition in a type II-A CRISPR-Cas system 著者: Sasnauskas, G. / Gaizauskaite, U. / Tamulaitiene, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8pk1.cif.gz | 329 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8pk1.ent.gz | 233.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8pk1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8pk1_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8pk1_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8pk1_validation.xml.gz | 56.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8pk1_validation.cif.gz | 83.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/8pk1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/8pk1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 17722MC 8pj9C 8pig 8pmh C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13431.560 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus thermophilus DGCC 7710 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス) 遺伝子: cas2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: G3ECR3, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 #2: タンパク質 | 分子量: 35363.461 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus thermophilus DGCC 7710 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス) 遺伝子: cas1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: G3ECR2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 #3: DNA鎖 | 分子量: 7917.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #4: DNA鎖 | 分子量: 8062.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #5: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Cas1-Cas2 CRISPR integrase-prespacer DNA complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||
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由来(天然) | 生物種: Streptococcus thermophilus DGCC 7710 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス) | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: TFS GLACIOS |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: OTHER / 倍率(公称値): 92000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 46.33 sec. / 電子線照射量: 30.5 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 3373 |
-解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.21rc1_4903 / カテゴリ: モデル精密化 |
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CTF補正 | タイプ: NONE |
粒子像の選択 | 詳細: Blob picking in cryoSPARC live session |
3次元再構成 | 解像度: 3.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 91658 / 対称性のタイプ: POINT |
原子モデル構築 | Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model |
精密化 | 交差検証法: NONE |