+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8p99 | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | SARS-CoV-2 S-protein:D614G mutant in 1-up conformation | |||||||||||||||
要素 | Spike protein S1,Spike glycoprotein | |||||||||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / Spike / SARS COV-2 / Inhibitor | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Adhav, A. / Forcada-Nadal, A. / Marco-Marin, C. / Lopez-Redondo, M.L. / Llacer, J.L. | |||||||||||||||
資金援助 | European Union, スペイン, 4件
| |||||||||||||||
引用 | ジャーナル: J Med Chem / 年: 2023 タイトル: C-2 Thiophenyl Tryptophan Trimers Inhibit Cellular Entry of SARS-CoV-2 through Interaction with the Viral Spike (S) Protein. 著者: Marta Gargantilla / Clara Francés / Anmol Adhav / Alicia Forcada-Nadal / Belén Martínez-Gualda / Olaia Martí-Marí / María Luisa López-Redondo / Roberto Melero / Clara Marco-Marín / ...著者: Marta Gargantilla / Clara Francés / Anmol Adhav / Alicia Forcada-Nadal / Belén Martínez-Gualda / Olaia Martí-Marí / María Luisa López-Redondo / Roberto Melero / Clara Marco-Marín / Nadine Gougeard / Carolina Espinosa / Antonio Rubio-Del-Campo / Rafael Ruiz-Partida / María Del Pilar Hernández-Sierra / Laura Villamayor-Belinchón / Jerónimo Bravo / José-Luis Llacer / Alberto Marina / Vicente Rubio / Ana San-Félix / Ron Geller / María-Jesús Pérez-Pérez / 要旨: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) causes COVID-19, by infecting cells via the interaction of its spike protein (S) with the primary cell receptor angiotensin-converting ...Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) causes COVID-19, by infecting cells via the interaction of its spike protein (S) with the primary cell receptor angiotensin-converting enzyme (ACE2). To search for inhibitors of this key step in viral infection, we screened an in-house library of multivalent tryptophan derivatives. Using VSV-S pseudoparticles, we identified compound as a potent entry inhibitor lacking cellular toxicity. Chemical optimization of rendered compounds and , which also potently inhibited genuine SARS-CoV-2 cell entry. Thermofluor and microscale thermophoresis studies revealed their binding to S and to its isolated receptor binding domain (RBD), interfering with the interaction with ACE2. High-resolution cryoelectron microscopy structure of S, free or bound to , shed light on cell entry inhibition mechanisms by these compounds. Overall, this work identifies and characterizes a new class of SARS-CoV-2 entry inhibitors with clear potential for preventing and/or fighting COVID-19. | |||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8p99.cif.gz | 637.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8p99.ent.gz | 511 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8p99.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p9/8p99 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p9/8p99 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 17576MC 8p9yC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 140904.109 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 遺伝子: S, 2 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P0DTC2 #2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #3: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Spike glycoprotein - Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
分子量 | 単位: KILODALTONS/NANOMETER / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
緩衝液 | pH: 7.2 / 詳細: HEPES pH 7.2 150 mM NaCl |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 283.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 30 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 278833 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 3.4→3.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.567 / SU B: 10.909 / SU ML: 0.17 / ESU R: 0.122 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 50.231 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 合計: 25704 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|