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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8p52 | ||||||
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タイトル | Photorhabdus luminescens Makes caterpillars floppy (Mcf) toxin | ||||||
要素 | Toxin protein | ||||||
キーワード | TOXIN / Bacterial toxin | ||||||
機能・相同性 | TcdA/TcdB toxin, pore forming domain / TcdA/TcdB pore forming domain / Toxin protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Photorhabdus luminescens (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||
データ登録者 | Belyy, A. / Heilen, P. / Hofnagel, O. / Raunser, S. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structure and activation mechanism of the Makes caterpillars floppy 1 toxin. 著者: Alexander Belyy / Philipp Heilen / Philine Hagel / Oliver Hofnagel / Stefan Raunser / 要旨: The bacterial Makes caterpillars floppy 1 (Mcf1) toxin promotes apoptosis in insects, leading to loss of body turgor and death. The molecular mechanism underlying Mcf1 intoxication is poorly ...The bacterial Makes caterpillars floppy 1 (Mcf1) toxin promotes apoptosis in insects, leading to loss of body turgor and death. The molecular mechanism underlying Mcf1 intoxication is poorly understood. Here, we present the cryo-EM structure of Mcf1 from Photorhabdus luminescens, revealing a seahorse-like shape with a head and tail. While the three head domains contain two effectors, as well as an activator-binding domain (ABD) and an autoprotease, the tail consists of two putative translocation and three putative receptor-binding domains. Rearrangement of the tail moves the C-terminus away from the ABD and allows binding of the host cell ADP-ribosylation factor 3, inducing conformational changes that position the cleavage site closer to the protease. This distinct activation mechanism that is based on a hook-loop interaction results in three autocleavage reactions and the release of two toxic effectors. Unexpectedly, the BH3-like domain containing ABD is not an active effector. Our findings allow us to understand key steps of Mcf1 intoxication at the molecular level. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8p52.cif.gz | 515.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8p52.ent.gz | 410.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8p52.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8p52_validation.pdf.gz | 683.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8p52_full_validation.pdf.gz | 695.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8p52_validation.xml.gz | 69.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8p52_validation.cif.gz | 106.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/8p52 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/8p52 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 17440MC 8p50C 8p51C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 329440.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Photorhabdus luminescens (バクテリア) 遺伝子: mcf / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8KT65 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Photorhabdus luminescens Makes caterpillars floppy (Mcf) toxin タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Photorhabdus luminescens (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-2/1 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 70 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 21741 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 363044 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL |